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J-GLOBAL ID：201102285249512731   整理番号：11A0400379

リン酸クランプ 核酸骨格の認識のための小さな独立したモチーフ

The phosphate clamp: a small and independent motif for nucleic acid backbone recognition

著者 (9件)： KOMEDA Seiji (Georgia Inst. Technol., GA, USA) ,  KOMEDA Seiji (Osaka Univ. Pharmaceutical Sci., Takatsuki) ,  KOMEDA Seiji (Virginia Commonwealth Univ., VA, USA) ,  MOULAEI Tinoush (Georgia Inst. Technol., GA, USA) ,  CHIKUMA Masahiko (Osaka Univ. Pharmaceutical Sci., Takatsuki) ,  ODANI Akira (Kanazawa Univ., Kanazawa, JPN) ,  KIPPING Ralph (Virginia Commonwealth Univ., VA, USA) ,  FARRELL Nicholas P. (Virginia Commonwealth Univ., VA, USA) ,  WILLIAMS Loren Dean (Georgia Inst. Technol., GA, USA)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 39  号： 1  ページ： 325-336  発行年： 2011年 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： リン酸クランプはPtN₄のDNA複合体の一般的な特徴で,そのDNAとの相互作用は新しい様式のDNA結合エレメントとしての利用が示唆されている。本研究では,リン酸クランプの利用性と一般性について,プラチナ複合体TriplatinNC-Aを用いて検討した。プラチナ(II)複合体[{Pt(NH₃)₃}₂-μ-{トランス-Pt(NH₃)₂(NH₂(CH₂)₆NH₂)₂}](NO₃)₆(1,TriplatinNC-A,)に[d(CGCGAATTCGCG)]₂(DDD)が非共有結合的に結合したB-DNA12量体の1.7Åの分解能での結晶構造は,リン酸骨格と副溝の架橋に沿って伸長した三核陽イオンを示した。平面正方形のテトラ-アミンPt(II)単位はリン酸クランプモチーフ内でOP原子と二座N-O-N複合体を形成していた。形状は保存性で,相互作用はO1P原子よりもO2Pに対して選択性を示した。結合様式はDDDおよび[{トランス-Pt(NH₃)₂(NH₂(CH₂)₆(NH₃⁺)}₂-μ-{トランス-Pt(NH₃)₂(NH₂(CH₂)₆NH₂)₂}](NO₃)₈(3,TriplatinNC)のそれと極めて類似していた。3種類のPt(II)配位球体の内の1つが観察されず,Pt²⁺裸イオンとして認められたことから,3セットのリン酸クランプのみが認められた。電子密度からDDD-1複合体内のDDDと3種類のPt(II)原子の合計の相対占有度は1:1.69で,DDD-2でのそれは1:2.85であることが示され,ほぼ結晶化液滴内の混合比であることが分かった。このモチーフは高い反復性と幾何学的規則性を持つことから,一般的用途を持つモジュラー核酸結合デバイスとして開発できる可能性が示唆された。

シソーラス用語： 核酸 ,  白金化合物 ,  *結合部位 ,  結晶構造 ,  分子認識 ,  B-DNA ,  分子間相互作用 ,  電子密度 ,  円偏光二色性 ,  水素結合 ,  分子構造 ,  結合
準シソーラス用語： *リン酸クランプ ,  12量体 ,  溶液構造【溶質】 ,  DNA結合

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (5件)： リン酸 ,  クランプ ,  核酸 ,  骨格 ,  モチーフ