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J-GLOBAL ID：201102295760655546   整理番号：11A0991431

スフィンゴ脂質代謝で潜在的に興味のある差異を予測するための”オミック”データベースの可視化法

A method for visualization of “omic” datasets for sphingolipid metabolism to predict potentially interesting differences

著者 (8件)： MOMIN Amin A. (Georgia Inst. Technol., GA) ,  PARK Hyejung (Georgia Inst. Technol., GA) ,  PORTZ Brent J. (Georgia Inst. Technol., GA) ,  HAYNES Christopher A. (Georgia Inst. Technol., GA) ,  SHANER Rebecca L. (Georgia Inst. Technol., GA) ,  KELLY Samuel L. (Georgia Inst. Technol., GA) ,  JORDAN I. King (Georgia Inst. Technol., GA) ,  MERRILL Alfred H., Jr. (Georgia Inst. Technol., GA)
資料名： Journal of Lipid Research  (Journal of Lipid Research)
巻： 52  号： 6  ページ： 1073-1083  発行年： 2011年06月 
JST資料番号： H0071B  ISSN： 0022-2275  CODEN： JLPRA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： スフィンゴ脂質は構造的に多様で,リピドミック(代謝産物解析)によっても全ての生物種での代謝を追跡することは困難である。腫瘍細胞におけるマーカーとしても注目されており,関連遺伝子発現に注目したトランスクリプトームデータを用い,スフィンゴ脂質代謝の差異を可視化し,予測する方法を開発した。転写体と代謝物量間の相間を研究するため,セリンとパルミトイルCoAの縮合に始まるde novo酵素的合成系のみを評価対象にするなど4つの相関規則を設定した。この方法の有効性を既報のマイクロアレイデータに基づくMDA-MB-231細胞とMCF7細胞間で差異が予測される新しいスフィンゴ脂質について,質量分析により再認すると共に,セリンパルミトイルトランスフェラーゼ,ジヒドロセラミドデサチュラーゼなど関連する代謝酵素について考察を加えた。遺伝子発現データとスフィンゴ脂質組成の間には統計的に有意の一致が得られ,この方法の有効性を示唆した。

シソーラス用語： *トランスクリプトーム ,  腫瘍細胞 ,  培養細胞 ,  MCF7細胞 ,  統計的推定 ,  *スフィンゴ脂質 ,  代謝産物 ,  脂肪酸デサチュラーゼ ,  アシルトランスフェラーゼ ,  DNAマイクロアレイ ,  *腫瘍マーカー ,  予測技法 ,  生物学 ,  遺伝子発現
準シソーラス用語： MDA-MB-231細胞 ,  セリンパルミトイルトランスフェラーゼ ,  リピドミクス

分類 (2件)： 代謝一般  (EB05030X) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N)

タイトルに関連する用語 (7件)： スフィンゴ脂質 ,  代謝 ,  興味 ,  差異 ,  予測 ,  データベース ,  可視化