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J-GLOBAL ID：201102297442608698   整理番号：11A1620117

バレイショにおけるランダムフォレスト回帰を利用する~オミックスデータによるデータ統合とネットワーク再構築

Data integration and network reconstruction with ~omics data using Random Forest regression in potato

著者 (11件)： ACHARJEE Animesh (Graduate School Experimental Plant Sciences, Wageningen, NLD) ,  ACHARJEE Animesh (Wageningen UR Plant Breeding, Wageningen Univ. and Res. Center, P.O. Box 386, 6700 AJ Wageningen, NLD) ,  KLOOSTERMAN Bjorn (Wageningen UR Plant Breeding, Wageningen Univ. and Res. Center, P.O. Box 386, 6700 AJ Wageningen, NLD) ,  DE VOS Ric C.H. (Centre for BioSystems Genomics, P.O. Box 98, 6700 AA, Wageningen, NLD) ,  DE VOS Ric C.H. (Plant Res. International, P.O. Box 16, 6700 AA Wageningen, NLD) ,  WERIJ Jeroen S. (Wageningen UR Plant Breeding, Wageningen Univ. and Res. Center, P.O. Box 386, 6700 AJ Wageningen, NLD) ,  WERIJ Jeroen S. (Centre for BioSystems Genomics, P.O. Box 98, 6700 AA, Wageningen, NLD) ,  BACHEM Christian W.B. (Wageningen UR Plant Breeding, Wageningen Univ. and Res. Center, P.O. Box 386, 6700 AJ Wageningen, NLD) ,  VISSER Richard G.F. (Wageningen UR Plant Breeding, Wageningen Univ. and Res. Center, P.O. Box 386, 6700 AJ Wageningen, NLD) ,  VISSER Richard G.F. (Centre for BioSystems Genomics, P.O. Box 98, 6700 AA, Wageningen, NLD) ,  MALIEPAARD Chris (Wageningen UR Plant Breeding, Wageningen Univ. and Res. Center, P.O. Box 386, 6700 AJ Wageningen, NLD)
資料名： Analytica Chimica Acta  (Analytica Chimica Acta)
巻： 705  号： 1-2  ページ： 56-63  発行年： 2011年10月31日 
JST資料番号： A0394A  ISSN： 0003-2670  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ポストゲノム時代における,大量処理テクノロジーは,トランスクリプトミクス,メタボロミクス,及びプロテオミクスのような分野でのデータ収集をもたらし,その結果,大量のデータが利用できるようになった。しかし,表現型形質に関連するこれらの~オミクス分野でのデータセットは,作物の育種を発展させる上でまだ問題がある。筆者らは,集団単位での遺伝子発現と代謝産物(LC-MS)データを二倍性バレイショ集団の塊茎から得て,遺伝子発現,代謝産物,及び表現型形質を統合したネットワークの構築を可能にする種々の~オミクスデータセットを調べるための新規の方法を報告する。筆者らは,ランダムフォレスト回帰を用い,バレイショの塊茎色と酵素による変色との関連を示す代謝産物と転写産物のサブセットを選択した。ネットワークの再構築が,カロテノイド生合成経路に関わる遺伝子による既知の代謝産物とまだ特性化されていない代謝産物の統合をもたらした。筆者らは,本法が,既知成分と未知成分,及び代謝経路に関係する有意義なネットワークの構築を可能にすることを示す。Copyright 2011 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *計算機アルゴリズム ,  *ジャガイモ ,  遺伝学実験技術 ,  解析 ,  プロテオミクス ,  遺伝子発現 ,  LC-MS分析 ,  代謝経路 ,  *ネットワーク構造 ,  カロチノイド ,  データ収集 ,  塊茎 ,  RNA【核酸】 ,  *データ融合
準シソーラス用語： *ランダムフォレスト ,  トランスクリプトミクス ,  メタボロミクス ,  転写産物

分類 (2件)： 遺伝学一般  (EC01010C) ,  数値計算  (JE02000J)

タイトルに関連する用語 (5件)： バレイショ ,  ランダムフォレスト ,  オミックス ,  データ統合 ,  再構築