プライマーセット探索装置、プライマーセット探索方法およびプログラム

発明者： ,
出願人/特許権者：
代理人 (4件)：大野聖二 , 森田耕司 , 田中玲子 , 鈴木守
公報種別：公開公報
出願番号（国際出願番号）：特願2009-212703
公開番号（公開出願番号）：特開2011-062085
出願日： 2009年09月15日
公開日（公表日）： 2011年03月31日
要約：

【課題】非目的遺伝子群へのクロスハイブリダイゼーションが少なく、多くの目的遺伝子群をシークエンシングすることができるプライマーセットを探索する方法を提供する。【解決手段】プライマーセットに含めるプライマーの候補と目的遺伝子および複数の非目的遺伝子とのハイブリダイゼーションの可否を求めてデータベースを生成するステップと、ランダムに初期のプライマーセットを生成するステップと、プライマーセットの一つのプライマーを別の複数のプライマー候補と交換したときに生成される複数のプライマーセットのそれぞれの評価値を、当該プライマーセットがハイブリダイズする目的遺伝子の割合Ctおよび非目的遺伝子の割合Cnに基づいて計算し、計算した評価値に基づいて確率的にプライマーセットを選択し、そのプライマーセットと評価値を記憶部に記憶する処理を繰り返し行う探索ステップとを備える。【選択図】図7

請求項（抜粋）：

目的遺伝子にハイブリダイズするプライマーセットを探索するための方法であって、複数の目的遺伝子と複数の非目的遺伝子の配列を入力するステップと、プライマーセットに含めるプライマーの探索条件を入力するステップと、前記探索条件に合致するプライマー候補が前記複数の目的遺伝子および前記複数の非目的遺伝子のそれぞれにハイブリダイズするか否かを求め、その結果を記憶したデータベースを生成するステップと、前記プライマーセットに含める個数のプライマーを前記プライマー候補からランダムに選択して初期のプライマーセットを生成するステップと、 (1)プライマーセットに含まれるプライマーから一つのプライマーをランダムに選択し、(2)選択したプライマーを複数のプライマー候補のそれぞれと交換したときに生成される複数のプライマーセットについて、ハイブリダイズする目的遺伝子の割合Ctおよび非目的遺伝子の割合Cnを前記データベースに記憶されたデータに基づいて求め、(3)前記目的遺伝子の割合Ctと前記非目的遺伝子の割合Cnとに基づいて、複数のプライマーセットのそれぞれの評価値を計算し、(4)前記評価値に応じた確率値を与える確率分布と前記複数のプライマーセットのそれぞれの評価値とに基づいて、前記複数のプライマーセットから一つのプライマーセットを選択し、(5)選択したプライマーセットとその評価値を記憶部に記憶する、上記(1)〜(5)の処理を繰り返し行う探索ステップと、前記記憶部に記憶された複数のプライマーセットの中でその評価値が最も高かったプライマーセットを探索結果として出力するステップと、を備えるプライマーセット探索方法。

IPC (3件)：

C12Q 1/68 , C12M 1/00 , G06F 19/00

FI (3件)：

C12Q1/68 A , C12M1/00 A , G06F19/00 600

Fターム (20件)：

4B024AA11 , 4B024CA01 , 4B024CA09 , 4B024CA11 , 4B024CA20 , 4B024HA11 , 4B029AA07 , 4B029BB20 , 4B029FA15 , 4B063QA01 , 4B063QA13 , 4B063QA18 , 4B063QQ42 , 4B063QQ52 , 4B063QR32 , 4B063QR35 , 4B063QS25 , 4B063QS39 , 4B063QX01 , 4B063QX04

引用文献：

審査官引用 (6件)

社団法人情報処理学会研究報告, 2008, vol.86, pp.1-4
社団法人情報処理学会研究報告, 2008, vol.86, pp.1-4
BMC Bioinformatics, 2007, vol.8, pp.1-7

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