クローナルシークエンシングによる高分解能かつ高効率のHLA遺伝子型決定法

発明者： , ,
出願人/特許権者：
代理人 (7件)：青木篤 , 石田敬 , 福本積 , 古賀哲次 , 渡辺陽一 , 中村和広 , 中島勝
公報種別：公表公報
出願番号（国際出願番号）：特願2010-529289
公開番号（公開出願番号）：特表2011-500041
出願日： 2008年10月16日
公開日（公表日）： 2011年01月06日
要約：

本発明は、クローナルシークエンシングを使用する一回のシークエンシング操作で、複数の個体の、完全な、複数の部位のHLA遺伝子型決定(genotyping)を実行するための、方法及び試薬を提供する。

請求項（抜粋）：

複数の個体のHLA遺伝子HLA-A、HLA-B、HLA-C、DRBl、DQAl、DQBl、DPAl、及びDPBlのHLA遺伝子型を並行して決定する方法であり: (a)各個体において、多形性部位を含む前記HLA-A、HLA-B、HLA-C、DRBl、DQAl、DQBl、DPAl、及びDPBlのエキソンを増幅することにより、各個体のHLA-A、HLA-B、HLA-C、DRBl、DQAl、DQBl、DPAl、及びDPBl単位複製配列を取得し、ここで、各増幅反応は、HLA遺伝子エキソンを増幅するための順プライマー及び逆プライマーを用いて実行され、ここで: (i)該順プライマーは、5’から3’’にかけて以下の配列:アダプター配列、分子同定配列、及びHLA-ハイブリダイゼーション配列を含み;そして (ii)該逆プライマーは、5’から3’にかけて以下の配列:アダプター配列、分子同定配列、及びHLA-ハイブリダイゼーション配列を含み; (b)複数の個体由来のHLA単位複製配列をプールし、そしてエマルジョンPCRを実行し; (c)パイロシークエンシングを用いて、各個体のHLA-A、HLA-B、HLA-C、DRBl、DQAl、DQBl、DPAl、及びDPBl単位複製配列を並行して決定し;続いて (d)該HLA単位複製配列と既知のHLA配列を比較して、各個体に対してHLA対立遺伝子を割り当てることにより該個体中にいずれのHLA対立遺伝子が存在しているかを決定; 工程を含む、前記方法。

IPC (2件)：

C12Q 1/68 , C12N 15/09

FI (2件)：

C12Q1/68 A , C12N15/00 A

Fターム (20件)：

4B024AA11 , 4B024CA01 , 4B024CA04 , 4B024CA09 , 4B024CA11 , 4B024CA20 , 4B024HA14 , 4B063QA01 , 4B063QA13 , 4B063QA18 , 4B063QQ42 , 4B063QQ52 , 4B063QR32 , 4B063QR35 , 4B063QR55 , 4B063QR62 , 4B063QS25 , 4B063QS32 , 4B063QS34 , 4B063QX01

引用文献：

審査官引用 (2件)

Tissue Antigens, (1995), 46, [5], p.355-367
PLos One, (2007), 2, [2], p.e197

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