特許

J-GLOBAL ID：201103089389923588

核酸の塩基配列の解析方法

発明者： 山本 伸子 ,  岡本 尚志 ,  鈴木 智博
出願人/特許権者： キヤノン株式会社
代理人 (1件)： 宮崎 昭夫 (外3名)
公報種別：特許公報
出願番号（国際出願番号）：特願2000-263506
公開番号（公開出願番号）：特開2002-306166
特許番号：特許第3467004号
出願日： 2000年08月31日
公開日（公表日）： 2002年10月22日
請求項（抜粋）：

【請求項1】 標的一本鎖核酸の所定の部位の、未知の塩基配列を特定する方法であって、(a)該未知の塩基配列の予想される複数の塩基配列の各々に対して相補的な塩基配列を有する1番〜n番(n≧2)の複数種の一本鎖核酸プローブの各々が基体上に互いに隔離されるように配置されているプローブアレイを用意する工程;(b)該一本鎖核酸プローブの内の1番目の塩基配列に対して完全相補的な塩基配列を有し、かつ標識が施された一本鎖核酸を含む第1のサンプルと該プローブアレイとを互いに相補的な一本鎖核酸同士が二本鎖核酸を形成する条件下で反応させ、観察される蛍光を該プローブアレイ上の各々の塩基配列の一本鎖核酸プローブについて測定し、該プローブアレイ上の各々の一本鎖核酸プローブの位置とその蛍光特性との関係を示すテンプレートパターンIを得る工程;(c)得られた第1のテンプレートパターンを解析し、各位置のプローブとミスマッチ塩基対数(i)を有する二本鎖核酸の蛍光量の平均値(Fi)を算出する工程;(d)ミスマッチのない完全相補的な二本鎖核酸の蛍光量(F0)と、1塩基ミスマッチを有する二本鎖核酸の蛍光量の平均値(F1)との差(F1,0)を求め、さらに、(i+1)塩基ミスマッチを有する二本鎖核酸の蛍光量(Fi+1)とi塩基ミスマッチの蛍光量(Fi)の差(Fi+1, i)を求め、Fi, i+1>>Fi-1, iとなるようなiを設定する工程;(e)第2番目のプローブの塩基配列の完全相補的塩基配列に対して、ミスマッチ塩基対の数がi以下になる塩基配列を有する一本鎖核酸プローブの基体上の位置をポジティブとし、i+1以上のミスマッチを有する塩基配列のプローブの基体上の位置をネガティブとし、ポジティブの位置が形成するテンプレートパターンIIを得る工程;(f)(e)と同一の操作を他のすべての一本鎖核酸プローブについて行い、ミスマッチ塩基対の数がi以下になる塩基配列を有する一本鎖核酸プローブの基体上の位置が形成するテンプレートパターンIII〜nを得る工程;(g)該プローブアレイと該標的一本鎖核酸を含むサンプルとを該第1のテンプレートパターンを得た条件と同じ条件の下で反応させ、蛍光の有無及び強度を該プローブアレイ上の各々の塩基配列の一本鎖核酸プローブについて測定し、該プローブアレイ上の各々の一本鎖核酸プローブの位置とその蛍光特性との関係を示すパターンを得る工程;及び(h)該パターンを上記工程(b)、(e)及び(f)で得たn個のテンプレートパターンと対比し、該パターンと実質的に一致するテンプレートパターンがある場合に、そのテンプレートパターンに対応する一本鎖核酸の塩基配列を該標的一本鎖核酸の、未知の塩基配列として特定する工程、を有することを特徴とする標的一本鎖核酸の、所定の部位の、未知の塩基配列を特定する方法。

IPC (3件)：

C12N 15/09 ZNA ,  C12Q 1/68 ,  C12M 1/00

FI (3件)：

C12Q 1/68 A ,  C12M 1/00 A ,  C12N 15/00 ZNA F