研究者
J-GLOBAL ID：201201013665875049   更新日: 2024年02月02日

松永 康佑

マツナガ ヤスヒロ | Matsunaga Yasuhiro
所属機関・部署：
埼玉大学 理工学研究科

埼玉大学 理工学研究科 について


職名： 准教授
ホームページURL (1件)： https://www.bio.ics.saitama-u.ac.jp
研究分野 (2件)： 計算科学 ,  生物物理学
研究キーワード (6件)： 分子シミュレーション ,  自由エネルギー計算 ,  データ同化 ,  分子動力学 ,  非線形科学 ,  生物物理
競争的資金等の研究課題 (12件)：
  • 2023 - 2026 タイリング理論と分子科学の協働によるウイルス外殻構造の新たな設計原理の探究
  • 2020 - 2023 タイリングによるウイルス外殻のボトムアップ設計
  • 2016 - 2020 生体分子動態解析のためのデータ同化基盤の開発と応用
  • 2018 - 2019 生体分子ダイナミクスのマルコフ状態モデルを構築するための効率的な構造サンプリング手法の開発
  • 2017 - 2018 バンディットアルゴリズムに基づいた生体分子の効率的な構造サンプリング法の開発
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論文 (35件)：
  • Yasuhiro Matsunaga, Sotaro Fuchigami, Tomonori Ogane, Shoji Takada. End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images. Scientific reports. 2023. 13. 1. 129-129
  • Tomonori Ogane, Daisuke Noshiro, Toshio Ando, Atsuko Yamashita, Yuji Sugita, Yasuhiro Matsunaga. Development of hidden Markov modeling method for molecular orientations and structure estimation from high-speed atomic force microscopy time-series images. PLoS computational biology. 2022. 18. 12. e1010384
  • Yasuhiro Matsunaga, Motoshi Kamiya, Hiraku Oshima, Jaewoon Jung, Shingo Ito, Yuji Sugita. Use of multistate Bennett acceptance ratio method for free-energy calculations from enhanced sampling and free-energy perturbation. Biophysical Reviews. 2022
  • Taihei Murakami, Shigefumi Kumachi, Yasuhiro Matsunaga, Miwa Sato, Kanako Wakabayashi-Nakao, Hidekazu Masaki, Ryo Yonehara, Maiko Motohashi, Naoto Nemoto, Masayuki Tsuchiya. Construction of a Humanized Artificial VHH Library Reproducing Structural Features of Camelid VHHs for Therapeutics. Antibodies. 2022. 11. 1. 10-10
  • Ren Higashida, Yasuhiro Matsunaga. Enhanced Conformational Sampling of Nanobody CDR H3 Loop by Generalized Replica-Exchange with Solute Tempering. Life. 2021. 11. 12. 1428-1428
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MISC (37件)：
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書籍 (3件)：
  • Protein Functional Motions: Basic Concepts and Computational Methodologies
    Advances in Chemical Physics Vol. 145, page 35-82 (2011) 2011
  • Non-Brownian Phase Space Dynamics of Molecules, the Nature of their Vibrational States, and non-RRKM Kinetics
    Advances in Chemical Physics Vol. 145 page 83-122 (2011) 2011
  • Molecular Dynamics Simulation of Proteins: Two Models of Anharmonic Dynamics
    Proteins: Energy, Heat and Signal Flow, Chapter 5, p107-127 (2009), CRC Press. 2009
講演・口頭発表等 (28件)：
  • Energetics and conformational pathways of functional rotation in the multidrug transporter AcrB
    (第56回日本生物物理学会年会 岡山大学 2018)
  • 機械学習を用いた計測とシミュレーションの統合によるタンパク質動態解析
    (産業技術総合研究所 バイオメディカル研究部門 2018)
  • ストリング法による多剤排出トランスポーターAcrBの機能ダイナミクス解析
    (近畿大学 高圧力蛋白質研究センター 2018)
  • 機械学習を用いた計測とシミュレーションの統合によるタンパク質動態解析
    (京都大学理学研究科「数理を基盤として新分野の自発的創出を促す理学教育プログラム(MACS教育プログラム)」 京都大学 2017)
  • 機械学習を用いた1分子計測とシミュレーションの統合とタンパク質動態解析
    (新学術領域「柔らかな分子系」若手シンポジウム 東北大学 2017)
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Works (7件)：
  • MDToolbox.jl
    Yasuhiro Matsunaga 2018 - 現在
  • GENESIS: Generalized Ensemble Simulation System
    Y. Sugita, J. Jung, T. Mori, C. Kobayashi, Y. Matsunaga, T. Imai, T. Yoda 2015 - 現在
  • MDToolbox
    Yasuhiro Matsunaga 2012 - 現在
  • プレスリリース 機械学習を用いたシミュレーションと実験計測データの融合
    2018 -
  • プレスリリース 京コンピュータを用いた多剤排出トランスポータAcrBの薬剤排出メカニズムの解明
    2018 -
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学歴 (3件)：
  • 2003 - 2007 神戸大学大学院 自然科学研究科 情報メディア科学専攻 博士後期課程 修了 (博士(理学))
  • 2001 - 2003 神戸大学大学院 自然科学研究科 地球惑星科学専攻 博士前期課程 修了
  • 1997 - 2001 神戸大学 理学部 地球惑星科学科 卒業
学位 (1件)：
  • 理学 (神戸大学)
経歴 (10件)：
  • 2019/04 - 現在 埼玉大学 大学院理工学研究科 准教授
  • 2016/10 - 2020/03 JST さきがけ 研究員
  • 2018/04 - 2019/03 理化学研究所 計算科学研究センター 研究員
  • 2015/11 - 2018/10 神戸大学大学院 システム情報学研究科 非常勤講師
  • 2014/04 - 2018/03 理化学研究所 計算科学研究機構 研究員
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受賞 (6件)：
  • 2017/07 - 文部科学省 卓越研究員事業 卓越研究員候補者
  • 2016/06 - 日本蛋白質科学会 若手奨励賞・優秀賞
  • 2014/10 - 高度情報科学技術研究機構 HPCIシステム利用研究課題優秀成果賞
  • 2011/02 - 理化学研究所 Cutting Edge Award
  • 2009/10 - 次世代スーパーコンピュータ開発実施本部 ポスター発表優秀賞
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所属学会 (3件)：
バイオスーパーコンピューティング研究会 ,  日本蛋白質科学会 ,  日本生物物理学会
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