研究者
J-GLOBAL ID：201201029106783820   更新日: 2024年02月01日

渕上 壮太郎

フチガミ ソウタロウ | Fuchigami Sotaro
所属機関・部署：
静岡県立大学 薬学部

静岡県立大学 薬学部 について


職名： 助教
研究分野 (4件)： 生物物理学 ,  統計科学 ,  生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 ,  基礎物理化学
研究キーワード (9件)： 生体分子 ,  タンパク質 ,  ダイナミクス ,  分子動力学シミュレーション ,  粗視化シミュレーション ,  データ同化 ,  高速原子間力顕微鏡 ,  イオンモビリティ質量分析 ,  X線小角散乱
競争的資金等の研究課題 (7件)：
  • 2019 - 2022 シミュレーションと実験データのデータ同化によるタンパク質の立体構造解析
  • 2014 - 2016 ヒストンテールのしなやかさに由来する動的挙動の解明
  • 2011 - 2013 長時間全原子シミュレーションによるタンパク質揺らぎの解明
  • 2007 - 2008 分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究
  • 2003 - 2007 分子シミュレーションによる蛋白質フォールディング・分子認識機構の解明
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論文 (27件)：
  • Tsuyoshi Ishizone, Yasuhiro Matsunaga, Sotaro Fuchigami, Kazuyuki Nakamura. Representation of Protein Dynamics Disentangled by Time-Structure-Based Prior. Journal of Chemical Theory and Computation. 2023. 20. 1. 436-450
  • Suguru Kato, Shoji Takada, Sotaro Fuchigami. Particle Smoother to Assimilate Asynchronous Movie Data of High-Speed AFM with MD Simulations. Journal of Chemical Theory and Computation. 2023
  • Yasuhiro Matsunaga, Sotaro Fuchigami, Tomonori Ogane, Shoji Takada. End-to-end differentiable blind tip reconstruction for noisy atomic force microscopy images. Scientific reports. 2023. 13. 1. 129
  • Kazumi Saikusa, Daiki Asakawa, Sotaro Fuchigami, Satoko Akashi. Evaluation for Ion Heating of H2A-H2B Dimer in Ion Mobility Spectrometry-Mass Spectrometry. Mass spectrometry (Tokyo, Japan). 2023. 12. 1. A0131
  • Sotaro Fuchigami, Shoji Takada. Inferring Conformational State of Myosin Motor in an Atomic Force Microscopy Image via Flexible Fitting Molecular Simulations. Frontiers in Molecular Biosciences. 2022. 9
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MISC (5件)：
  • 渕上 壮太郎. 独立成分分析tICAによるタンパク質ダイナミクスの解析. 分子シミュレーション研究会会誌「アンサンブル」. 2011. 13. 4. 161-166
  • 渕上 壮太郎. タンパク質の構造変化ダイナミクス:基質との相互作用による特異的運動の実現. 物性研究. 2006. 86. 1. 99-104
  • 渕上 壮太郎, 小松崎 民樹, 戸田 幹人. 複雑な多谷ポテンシャルエネルギー面上で生起する動力学諸問題 : タンパク質とその周辺(研究会報告). 物性研究. 2006. 86. 1. 37-42
  • 渕上 壮太郎. 第6回蛋白質立体構造予測コンテストCASP6に参加して. 蛋白質核酸酵素. 2005. 50. 5. 471-476
  • 渕上 壮太郎. 古典力学から見た分子の非断熱過程. 物性研究. 2001. 76. 1. 115-126
講演・口頭発表等 (79件)：
  • 静電および疎水性相互作用を考慮した粗視化分子動力学シミュレーションによる気相構造解析
    (第23回日本蛋白質科学会年会 2023)
  • 高速原子間力顕微鏡で観察されたミオシンVの歩行運動の隠れマルコフモデル解析
    (第60回日本生物物理学会年会 2022)
  • 粗視化モデルによる気相構造解析:H2A-H2B二量体への適用
    (第22回日本蛋白質科学会年会 2022)
  • 高速原子間力顕微鏡データと分子シミュレーションのデータ同化による動的構造解析
    (第59回日本生物物理学会年会 2021)
  • イオンモビリティ質量分析と分子シミュレーションのデータ同化による構造解析:H2A-H2B二量体への適用
    (第21回日本蛋白質科学会年会 2021)
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学歴 (5件)：
  • 1999 - 2002 東京大学 総合文化研究科 広域科学専攻 博士課程
  • 1997 - 1999 東京大学 総合文化研究科 広域科学専攻 修士課程
  • 1995 - 1997 東京大学 教養学部 基礎科学科第一
  • 1993 - 1995 東京大学 教養学部 理科一類
  • 1989 - 1992 東京都立国立高等学校
学位 (1件)：
  • 博士(学術) (東京大学)
経歴 (8件)：
  • 2023/04 - 現在 静岡県立大学 薬学部薬科学科 助教
  • 2018/04 - 2023/03 京都大学 理学研究科 生体分子4次元構造解析特別講座 特定准教授
  • 2013/04 - 2018/03 横浜市立大学 国際総合科学部 生命医科学コース/生命医科学研究科 生命医科学専攻 助教
  • 2009/04 - 2013/03 横浜市立大学 生命ナノシステム科学研究科 生体超分子システム科学専攻 助教
  • 2007/04 - 2009/03 横浜市立大学 国際総合科学研究科 生体超分子科学専攻 助教
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委員歴 (2件)：
  • 2015/01 - 2016/12 日本生物物理学会 会誌編集委員
  • 2012/04 - 2013/03 日本物理学会 領域運営委員
所属学会 (6件)：
日本薬学会 ,  Biophysical Society ,  分子科学会 ,  日本生物物理学会 ,  日本蛋白質科学会 ,  日本物理学会
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