池口満徳

イケグチミツノリ | Ikeguchi Mitsunori

所属機関・部署：
職名：教授
ホームページURL (1件)： http://www.tsurumi.yokohama-cu.ac.jp/bioinfo/

研究分野 (3件)：生命、健康、医療情報学 , 生物物理、化学物理、ソフトマターの物理 , 生物物理学

研究キーワード (3件)：バイオインフォマティクス , 分子シミュレーション , 生物物理学

競争的資金等の研究課題 (21件)：

2018 - 2023 生体発動分子の機能発現に関する構造ダイナミクス研究
2013 - 2016 分子シミュレーションによるV型ATPaseの回転機構の解明
2011 - 2013 Pループ型ATP加水分解酵素の機能発現機構の解明
2011 - 2012 相同組換えに関わる分裂酵母Rad51-Swi5-Sfr1複合体の構造生物学的研究
2010 - 2012 分子シミュレーションによる F1 分子モーターの回転機構の解明

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論文 (216件)：

Masao Inoue, Tomohiko Hayashi, Satoshi Yasuda, Minoru Kato, Mitsunori Ikeguchi, Takeshi Murata, Masahiro Kinoshita. Statistical-Mechanics Analyses on Thermodynamics of Protein Folding Constructed by Privalov and Co-Workers. The journal of physical chemistry. B. 2024. 128. 41. 10110-10125
Mitsugu Araki, Toru Ekimoto, Kazuhiro Takemura, Shigeyuki Matsumoto, Yunoshin Tamura, Hironori Kokubo, Gert-Jan Bekker, Tsutomu Yamane, Yuta Isaka, Yukari Sagae, et al. Molecular Dynamics Unveils Multiple-Site Binding of Inhibitors with Reduced Activity on the Surface of Dihydrofolate Reductase. Journal of the American Chemical Society. 2024
Kylie Chinner, Niklas Grabicki, Rei Hamaguchi, Mitsunori Ikeguchi, Kazushi Kinbara, Sayaka Toyoda, Kohei Sato, Oliver Dumele. Nanohoops in Membranes: Confined Supramolecular Spaces within Phospholipid Bilayer Membranes. Chemical Science. 2024
Jae-Hyun Park, Kouki Kawakami, Naito Ishimoto, Tatsuya Ikuta, Mio Ohki, Toru Ekimoto, Mitsunori Ikeguchi, Dong-Sun Lee, Young-Ho Lee, Jeremy R H Tame, et al. Structural basis for ligand recognition and signaling of hydroxy-carboxylic acid receptor 2. Nature communications. 2023. 14. 1. 7150-7150
Tsutomu Yamane, Takahiro Nakayama, Toru Ekimoto, Masao Inoue, Keigo Ikezaki, Hiroshi Sekiguchi, Masahiro Kuramochi, Yasuo Terao, Ken Judai, Minoru Saito, et al. Comparison of the Molecular Motility of Tubulin Dimeric Isoforms: Molecular Dynamics Simulations and Diffracted X-ray Tracking Study. International Journal of Molecular Sciences. 2023. 24. 20. 15423-15423

MISC (88件)：

永田崇, 山田達矢, 林智彦, 肥喜里志門, 小林直宏, 池口満徳, 片平正人, 木下正弘, 柳川弘志. STRUCTURAL AND PHYSICAL BASIS FOR THE HIGHER AFFINITY TO ONCOPROTEIN MDM2 OF A PEPTIDE SELECTED WITH MRNA DISPLAY OVER TUMOR SUPPRESSOR P53. 64th Annual Meeting of the Biophysical Society, San Diego, 2020.2.15-19. 2020
浴本亨, 小甲裕一, 苙口友隆, 池口満徳, 池口満徳. X線小角散乱と分子動力学シミュレーションを組み合わせた生体分子の溶液構造解析. アンサンブル. 2020. 22. 3
佐藤美和, 中川寛之, 小甲裕一, 宮口郁子, 鹿島亜希子, 馬彪, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳, 池口満徳. 深層学習による低解像度電子密度データからの構造予測. 日本細胞生物学会大会(Web). 2019. 71st
宮口郁子, 鹿島亜季子, 佐藤美和, 中田一人, 馬彪, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳. AI用学習データ作成のための高・低分解能の蛋白質結晶構造比較. 日本細胞生物学会大会(Web). 2019. 71st
馬場剛史, 小甲裕一, 佐藤美和, 中川寛之, 宮口郁子, MA Biao, 松本篤幸, 徳久淳師, 大田雅照, 池口満徳, et al. 3D-CNNを活用したポケット予測に関する研究。. 構造活性相関シンポジウム講演要旨集. 2019. 47th (CD-ROM)

書籍 (4件)：

実験医学増刊構造生命科学で何がわかるのか何ができるのか
羊土社 2014
Protein Conformational Dynamics
Springer Cham Heidelberg New York Dordrecht London 2014
1分子ナノバイオ計測
化学同人 2014
最新分子マシンナノで働く“高度な機械”を目指して
化学同人 2008

講演・口頭発表等 (97件)：

Finite-size effect on the charging free energy in the alchemical perturbation and “Warp Drive” method
(Biophysical society 62th Annual Meeting 2018)
In silico binding affinity analysis for phosphodiesterase-10A inhibitors
(情報計算科学生物学会2017年大会 2017)
In silico protein design for functional modification of the photoactivated adenylate cyclase
(情報計算科学生物学会2017年大会 2017)
Finite-size effect on the charging free energy in the alchemical perturbation and ``warp drive'' method
(情報計算科学生物学会2017年大会 2017)
Apo- and antagonist-binding structures of vitamin D receptor ligand-binding domain elucidated by SAXS experiments and MD simulations
(第55回日本生物物理学会年会 2017)

学歴 (2件)：

- 1994 東京大学農学系研究科応用生命工学専攻
- 1989 東京大学工学部計数工学科

学位 (1件)：

博士(農学) (東京大学)

経歴 (2件)：

横浜市立大学国際総合科学部生命医科学コース生命医科学研究科生命医科学専攻教授
東京大学農学部助手

所属学会 (4件)：

米国生物物理学会 , 日本物理学会 , 日本蛋白質科学会 , 日本生物物理学会

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