- 2018 - 2023 生体発動分子の機能発現に関する構造ダイナミクス研究
- 2013 - 2016 分子シミュレーションによるV型ATPaseの回転機構の解明
- 2011 - 2013 Pループ型ATP加水分解酵素の機能発現機構の解明
- 2011 - 2012 相同組換えに関わる分裂酵母Rad51-Swi5-Sfr1複合体の構造生物学的研究
- 2010 - 2012 分子シミュレーションによる F1 分子モーターの回転機構の解明
- 2009 - 2010 Pループ型ATP加水分解酵素の機能発現機構の解明
- 2006 - 2010 分子シミュレーションによるF_1_分子モーターの化学-力学エネルギー変換機構の解
- 2008 - 2009 トランスポーチンによるタンパク質の核内輸送の構造生物学
- 2007 - 2009 タンパク質フォールディングの大規模シミュレーションと大量軌道データ解析法の開発
- 2007 - 2008 分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究
- 2003 - 2007 分子シミュレーションによる蛋白質フォールディング・分子認識機構の解明
- 2005 - 2006 分子シミュレーションによる膜タンパク質の機能的ダイナミクスの研究
- 2001 - 2004 タンパク質複合体の立体構造と機能の予測
- 2002 - 2003 タンパク質における分子内振動エネルギー移動の研究
- 2001 - 2001 蛋白質化学機能の立体構造からの第一原理的予測法の開発
- 2000 - 2001 蛋白質のレアイベントに対する準平衡論的分子シミュレーション法の開発
- 1999 - 2001 動的資源管理機能を備えた大規模並列プログラミング環境の開発と計算化学への応用
- 2000 - 2000 蛋白質化学機能の立体構造からの第一原理的予測法の開発
- 1998 - 2000 大規模並列システムのための効率的なプロセッサ割当て方針に関する研究
- 1998 - 1998 蛋白質の安定性・折れたたみ機構における水・変性剤の分子メカニズム
- 計算機を用いた生体分子の構造、機能の理論的解析
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