- 2022 - 2027 河川生息場の時空間的多様性を指標とする生態系管理:動的環境への適応進化と棲み分け
- 2022 - 2025 ゲノム情報が解明する河川生物の環境応答:自然選択と機能的多様性に着目した保全
- 2021 - 2024 ダム下流への掃流砂供給を目指した土砂還元の高度化手法の開発
- 2019 - 2022 定量メタバーコーディングによる迅速で正確な種多様性評価:群集と環境DNAへの適用
- 2018 - 2021 付着藻類を食べる普通種アユが河川生物群集のなかでになう生態的役割の解明
- 2017 - 2020 流況・土砂管理を組み合わせたダム下流の自然再生事業の生態学的評価
- 2016 - 2020 流域資源管理に向けた水文・藻類モデルを利用した河川総生物量推定手法の開発
- 2015 - 2020 蛇行長期動態の物理機構に基づく自然営力順応型川づくり
- 2016 - 2019 次世代シーケンサーを活用した流域生物の全種網羅的な遺伝的多様性評価法の開発
- 2014 - 2017 排砂バイパスによる土砂輸送およびダム下流生態系変化の解明
- 2013 - 2017 生息場寿命に基づく河川生態系の構造解析
- 2012 - 2015 アルプス自然流域に残された生物多様性の大規模ゲノム解析による解明とその保全
- 2010 - 2014 水文データを利用した種多様性と遺伝的多様性の関係解明と流域環境評価への適用
- 2009 - 2011 タリアメント川の原生的洪水氾濫原の生物多様性形成機構の解明と河川環境評価への適用
- 2008 - 2011 ラオス北部山間地河川に生息する魚類の産卵場所と仔稚魚の成育場所を解明する研究
- 2007 - 2009 河川における生息場の形成・維持に働く土砂流出様式の解明
- 2006 - 2008 社会・生態システムの生活者参加型環境マネジメントに関する研究
- 2003 - 2005 流域生態系の保全・復元に向けた河川階層モデルの開発
- 2001 - 2002 長良川河口堰が汽水域生息場の特性に与えた影響に関する研究
- 1996 - 1997 河川の堆積物挙動と生物群衆の動態
- 1995 - 1996 BBTM湖(琵琶湖・バイカル湖・タンガニイカ湖・マラウィ湖)生態系における生物多様性促進機構の比較研究
- 1994 - 1994 トビイロカゲロウ属の繁殖行動と機械的精子置換
- 1994 - 1994 生物群集における種間関係の可塑性と多種共存機構
- 1993 - 1994 河川性水生昆虫類の分類・生態基礎情報の統合的研究
- 1992 - 1994 タンガニイカ湖・琵琶湖両生態系の多様性、弾力性と環境変動
- 1993 - 1993 トビイロカゲロウ属の繁殖行動と機械的精子置換
- 1992 - 1992 魚類・底生動物群集の生息場所を介した相互作用
- 1991 - 1991 魚類・底生動物群集の生息場所を介した相互作用
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