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J-GLOBAL ID：201202200907424835   整理番号：12A0862511

Drosophilaのクロマチンドメイン境界要素探査ツール

Chromatin domain boundary element search tool for Drosophila

著者 (2件)： SRINIVASAN Arumugam (Council for Scientific and Industrial Res. (CSIR), Hyderabad, IND) ,  MISHRA Rakesh K. (Council for Scientific and Industrial Res. (CSIR), Hyderabad, IND)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 40  号： 10  ページ： 4385-4395  発行年： 2012年05月31日 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： クロマチンドメイン境界要素は遠隔または密接する調節要素間の不適切な相互作用を防ぎ,エンハンサーやサイレンサーに標的プロモーターを正しく認識させる役割を持つ。境界要素は極めて一般的かつ中枢的な要素であるにも拘らず,これを同定するためのDNA配列分析基盤のツールが無い。本論文は,Drosophilaにおける潜在的境界配列同定のための生物情報科学ツール,即ちクロマチンドメインBoundary Search Tool(cdBEST)に関する。cdBESTを用いて,Drosophila 12種にわたり,全部で93109の境界を同定した。即ちD.melanogasterに関しては数個の反復境界要素を含む4576の境界を同定した。また境界を隣接遺伝子と言う観点から19個のcdBESTの境界要素を選択し,Drosophila S2細胞を用いた実験に供しエンハンサー阻害活性を調べ,これらのcdBEST境界要素が実際にin vivoで機能することを見出した。

シソーラス用語： *因子 ,  ショウジョウバエ ,  クロマチン ,  情報科学 ,  生物学 ,  エンハンサー領域 ,  サイレンサー領域 ,  培養細胞
準シソーラス用語： *境界要素 ,  Drosophila ,  *生物情報科学 ,  Drosophila melanogaster ,  エンハンサー配列 ,  S2細胞

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (4件)： Drosophila ,  境界要素 ,  探査 ,  ツール