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J-GLOBAL ID：201202204681009002   整理番号：12A1226578

溶液中二分割化GlcNAcとコアフコシル化が二アンテナ型複合体N-グルカンの立体配座特性に及ぼす効果

Effect of Bisecting GlcNAc and Core Fucosylation on Conformational Properties of Biantennary Complex-Type N-Glycans in Solution

著者 (7件)： NISHIMA Wataru (RIKEN Advanced Sci. Inst., Saitama, JPN) ,  MIYASHITA Naoyuki (RIKEN Quantitative Biology Center, Hyogo, JPN) ,  YAMAGUCHI Yoshiki (RIKEN Advanced Sci. Inst., Saitama, JPN) ,  SUGITA Yuji (RIKEN Advanced Sci. Inst., Saitama, JPN) ,  SUGITA Yuji (RIKEN Quantitative Biology Center, Hyogo, JPN) ,  SUGITA Yuji (RIKEN Advanced Inst. Computational Sci., Hyogo, JPN) ,  RE Suyong (RIKEN Advanced Sci. Inst., Saitama, JPN)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 29  ページ： 8504-8512  発行年： 2012年07月26日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： N-グルカン中二分割化GlcNAcとコアフコシル化の導入が糖蛋白質の微細な機能調節にとって必須である。ここでは,レプリカ交換分子動力学シミュレーション(REMD)を行うことによってこれらの修飾がN-グルカンの立体配座特性に及ぼす効果を原子水準で調べた。四種類の二アンテナ型複合体N-グルカン,すなわち非修飾,二分割化GlcNAcとコアフコースのいずれかを有する二種類の単一置換及び二置換形をシミュレーションした。増強サンプリング技法としてREMDを用いることによって,溶液中五種類の明確な配座異性体,それらの各々をManα1-6Manグリコシド結合のその局所配向によって特性化し,すべての四個のN-グルカンについて観測した。化学修飾はそれらの立体配座平衡を著しく変えた。二分割化GlcNAcとコアフコシル化時にそれぞれ主な配座異性体数は五個から二個及び五個から四個に縮減した。水仲介水素結合を含む特異な残基間水素結合に個体群変化を割り付けた。実験NMRデータは核Overhauser増強とスカラーJ結合定数を含め,多重配座異性体を考慮して良く再現した。この構造モデルは配座異性体選出の概念を支持し,蛋白質-グルカン相互作用の立体配座柔軟性を強調した。

シソーラス用語： *グルカン ,  *グリコシル化 ,  *立体配座 ,  立体異性体 ,  水素結合 ,  Overhauser効果 ,  結合定数 ,  スカラー ,  化学修飾 ,  レプリカ法 ,  計算機シミュレーション ,  分子動力学 ,  標本抽出 ,  グリコシド化 ,  化学結合 ,  糖タンパク質
準シソーラス用語： グリコシド結合 ,  *グルカン類 ,  グルコシル化 ,  サンプリング【統計】 ,  フコシル化 ,  レプリカ交換 ,  構造モデル ,  配座異性体 ,  分子動力学シミュレーション

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

物質索引 (4件)： 4-O-[4-O-[3-O,6-O-ビス[2-O-[4-O-(β-D-ガラクトピラノシル)-2-デオキシ-2-(アセチルアミノ)-β-D-グルコピラノシル]-α-D-マンノピラノシル]-β-D-マンノピラノシル]-2-デオキシ-2-アセチルアミノ-β-D-グルコピラノシル]-2-デオキシ-2-アセチルアミノ-β-D-グルコピラノース ,  6-O-(α-D-フコピラノシル)-4-O-[4-O-[3-O,6-O-ビス[2-O-[4-O-(β-D-ガラクトピラノシル)-2-デオキシ-2-(アセチルアミノ)-β-D-グルコピラノシル]-α-D-マンノピラノシル]-β-D-マンノピラノシル]-2-デオキシ-2-アセチルアミノ-β-D-グルコピラノシル]-2-デオキシ-2-アセチルアミノ-β-D-グルコピラノース ,  4-O-[4-O-[4-O-[2-デオキシ-2-(アセチルアミノ)-β-D-グルコピラノシル]-3-O,6-O-ビス[2-O-[4-O-(β-D-ガラクトピラノシル)-2-デオキシ-2-(アセチルアミノ)-β-D-グルコピラノシル]-α-D-マンノピラノシル]-β-D-マンノピラノシル]-2-デオキシ-2-アセチルアミノ-β-D-グルコピラノシル]-2-デオキシ-2-アセチルアミノ-β-D-グルコピラノース ,  6-O-(α-D-フコピラノシル)-4-O-[4-O-[4-O-[2-デオキシ-2-(アセチルアミノ)-β-D-グルコピラノシル]-3-O,6-O-ビス[2-O-[4-O-(β-D-ガラクトピラノシル)-2-デオキシ-2-(アセチルアミノ)-β-D-グルコピラノシル]-α-D-マンノピラノシル]-β-D-マンノピラノシル]-2-デオキシ-2-アセチルアミノ-β-D-グルコピラノシル]-2-デオキシ-2-アセチルアミノ-β-D-グルコピラノース

タイトルに関連する用語 (7件)： 溶液 ,  コア ,  フコシル化 ,  アンテナ ,  複合体 ,  グルカン ,  立体配座