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J-GLOBAL ID：201202207570871715   整理番号：12A0925004

乳房腫瘍2,000症例のゲノムおよびトランスクリプトームの構造から明らかになった複数の新規サブグループ

The genomic and transcriptomic architecture of 2,000 breast tumours reveals novel subgroups

著者 (40件)： CURTIS Christina (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  CHIN Suet-Feung (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  RUEDA Oscar M. (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  LYNCH Andy G. (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  SAMARAJIWA Shamith (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  YUAN Yinyin (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  GRAEF Stefan (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  MARKOWETZ Florian (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  TAVARE Simon (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  CALDAS Carlos (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  CURTIS Christina (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  CHIN Suet-Feung (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  RUEDA Oscar M. (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  DUNNING Mark J. (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  SPEED Doug (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  LYNCH Andy G. (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  SAMARAJIWA Shamith (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  YUAN Yinyin (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  GRAEF Stefan (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  RUSSELL Roslin (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  MARKOWETZ Florian (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  BRENTON James D. (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  TAVARE Simon (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  CALDAS Carlos (Cancer Res. UK, Cambridge, GBR) ,  SHAH Sohrab P. (Univ. British Columbia, British Columbia, CAN) ,  TURASHVILI Gulisa (Univ. British Columbia, British Columbia, CAN) ,  HA Gavin (Univ. British Columbia, British Columbia, CAN) ,  HAFFARI Gholamreza (Univ. British Columbia, British Columbia, CAN) ,  BASHASHATI Ali (Univ. British Columbia, British Columbia, CAN) ,  MCKINNEY Steven (Univ. British Columbia, British Columbia, CAN) ,  WATSON Peter (Univ. British Columbia, British Columbia, CAN) ,  APARICIO Samuel (Univ. British Columbia, British Columbia, CAN) ,  SHAH Sohrab P. (British Columbia Cancer Res. Centre, British Columbia, CAN) ,  TURASHVILI Gulisa (British Columbia Cancer Res. Centre, British Columbia, CAN) ,  MCKINNEY Steven (British Columbia Cancer Res. Centre, British Columbia, CAN) ,  WATSON Peter (British Columbia Cancer Res. Centre, British Columbia, CAN) ,  APARICIO Samuel (British Columbia Cancer Res. Centre, British Columbia, CAN) ,  SPEED Doug (Univ. Cambridge, Cambridge, GBR) ,  LANGEROD Anita (Oslo Univ. Hospital Radiumhospitalet, Oslo, NOR) ,  BORRESEN-DALE Anne-Lise (Oslo Univ. Hospital Radiumhospitalet, Oslo, NOR)
資料名： Nature (London)  (Nature (London))
巻： 486  号： 7403  ページ： 346-352  発行年： 2012年06月21日 
JST資料番号： D0193B  ISSN： 0028-0836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 乳がんのサブグループとそれらの発生を引き起こす分子的要因の解明には,相当数の患者に由来するゲノムとトランスクリプトームを統合的に見ることが必要である。本論文では,長期的に臨床経過観察した原発性乳房腫瘍の997検体からなる発見セットおよび995検体からなる検証セットの,コピー数および遺伝子発現を統合して解析した結果を示す。遺伝的多型(コピー数多型および一塩基多型)および後天性の体細胞性コピー数異常(CNA)は,約40%の遺伝子の発現との関連性が認められ,その全体像はシスおよびトランスに作用するCNAによって支配されていた。CNAによってシスに駆動される発現外れ値(expression outlier)遺伝子群を詳細に調べることで,PPP2R2A,MTAPおよびMAP2K4における欠失を含むがん遺伝子候補が見つかった。対にしたDNA-RNAプロファイルの教師なし解析から,異なる臨床転帰を伴う複数の新規サブグループが明らかになり,検証コホートでもそれが再現された。これらの新規サブグループの中には,エストロゲン受容体陽性で11q13/14シス作用性のハイリスクなサブグループや,CNAがなく予後良好なサブグループが含まれている。トランスに作用する異常ホットスポットは,「CNAのない」サブグループでのTCR欠失を介した適応免疫応答や,基底様型乳がん特異的な5番染色体欠失関連の有糸分裂ネットワークなどの,サブグループ特異的な遺伝子ネットワークを調整することが明らかになった。以上の結果は,体細胞性CNAがトランスクリプトームに及ぼす影響に由来する,乳がん分類群の新規の分子的層別化を明らかにしている。Copyright Nature Publishing Group 2012

シソーラス用語： ゲノム ,  トランスクリプトーム ,  *乳房腫瘍 ,  ヒト ,  コピー数 ,  遺伝子多型 ,  癌遺伝子 ,  ネットワーク
準シソーラス用語： 遺伝子ネットワーク

分類 (2件)： 発癌機序・因子  (GE02020C) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： 乳房腫瘍 ,  症例 ,  ゲノム ,  トランスクリプトーム ,  サブ ,  グループ