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J-GLOBAL ID：201202208516210459   整理番号：12A1195576

ヘリックス間相互作用を用いた膜貫通蛋白質共通トポロジー予測の改善

Improving transmembrane protein consensus topology prediction using inter-helical interaction

著者 (5件)： WANG Han (Coll. of Computer Sci. and Technol., Key Lab. of Symbol Computation and Knowledge Engineering of Ministry of ...) ,  ZHANG Chao (Dep. of Computer Sci., Christopher S. Bond Life Sciences Center, Univ. of Missouri, Columbia, MO 65211, USA) ,  SHI Xiaohu (Coll. of Computer Sci. and Technol., Key Lab. of Symbol Computation and Knowledge Engineering of Ministry of ...) ,  ZHANG Li (Coll. of Computer Sci. and Technol., Key Lab. of Symbol Computation and Knowledge Engineering of Ministry of ...) ,  ZHOU You (Coll. of Computer Sci. and Technol., Key Lab. of Symbol Computation and Knowledge Engineering of Ministry of ...)
資料名： Biochimica et Biophysica Acta  (Biochimica et Biophysica Acta)
巻： 1818  号： 11  ページ： 2679-2686  発行年： 2012年11月 
JST資料番号： B0207A  ISSN： 0005-2728  CODEN： BBBMBS  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： αヘリックス膜貫通蛋白質(αTMP)は典型的ゲノムにおいて全ORFの約30%を占める。ヘリックス間相互作用は膜貫通ヘリックス(TMH)において共通して見出される知見及びこれらの存在を強く示すそれに基づいて,αTMPの新しい共通トポロジー予測法CNTOPを提示した。CNTOPは個別トポロジー予測子をもたらす4トップを内蔵し,ヘリックス間相互作用予測を用いて予測精度をさらに改善した。この方法はベンチマークデータセットに基づいて87%の予測精度及び多所性αTMPから成る非重複データセットに基づいて78%精度を達成した。この方法は他の個別予測及び共通予測子よりも最も高いトポロジー精度をもたらし,同時にTMHはこれらの鎖長及び配置において正確に予測され,偽陽性及び偽陰性は劇的に低減した。CNTOPはhttp://ccst.jlu.edu.cn/JCSB/cntop/CNTOP.html.で入手できる。Copyright 2012 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *膜貫通タンパク質 ,  位相幾何学 ,  ヘリックス構造 ,  *予測技法 ,  精度 ,  分子間相互作用 ,  *予測 ,  *生体膜
準シソーラス用語： *αTMP ,  αヘリックス ,  *トポロジー予測 ,  蛋白質-蛋白質相互作用 ,  予測子 ,  予測精度

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  生体膜一般  (EF04010G)

タイトルに関連する用語 (5件)： ヘリックス ,  相互作用 ,  膜貫通蛋白質 ,  トポロジー ,  予測