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J-GLOBAL ID：201202209998861601   整理番号：12A0058918

縮重PCRおよびコンピュータでのデータ解析を用いたイヌゲノムにおける内在性レトロウイルスの同定とその分類

Identification and classification of endogenous retroviruses in the canine genome using degenerative PCR and in-silico data analysis

著者 (11件)： JO Haiin ,  CHOI Hojun ,  CHOI Min-kyeung ,  SONG Ning ,  KIM Jin-hoi ,  OH Jae-wook ,  SEO Kunho ,  SEO Han Geuk ,  CHUN Taehoon ,  KIM Tae-hun ,  PARK Chankyu
資料名： Virology  (Virology)
巻： 422  号： 2  ページ： 195-204  発行年： 2012年01月20日 
JST資料番号： H0793A  ISSN： 0042-6822  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 10匹のイヌからプールしたゲノムDNAをレトロウイルスpro/pol領域を標的とするプライマーでPCRにかけた。PCRにより得られた120クローンの配列解析よりレトロウイルス起源の81が判明した。縮重PCR産物を用いたBLAST解析によるイヌゲノム(CanFam 2.0)の配列解析およびこれまでに同定されたレトロウイルス配列により,さらにレトロウイルスγおよびβ配列を同定した。イヌゲノムのレトロウイルスプロテアーゼ(PR)および逆転写酵素(RT)配列を用いた系統分析より,17のγおよび7のβファミリーを同定した。さらに,マウス(Mu)ERV-Lおよびヒト(H)ERV-Lとの配列相同性をもとにCanFam 2.0より167のspuma様ERVエレメントも同定した。これらの結果は,イヌゲノムにおけるERV遺伝子座の量的および位置的情報およびその多様性を明らかにすることにより,ゲノム構造の形成および遺伝子発現変化におけるレトロウイルスの影響を理解するために役立つであろう。Copyright 2012 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *イヌ ,  *レトロウイルス科 ,  系統樹 ,  生物分類 ,  生物学 ,  アミノ酸配列 ,  相同性 ,  ゲノム ,  組込【遺伝】
準シソーラス用語： アミノ酸配列相同性 ,  イヌ内在性レトロウイルス ,  コンピュータ生物学 ,  *内在性レトロウイルス ,  分子系統樹 ,  *分子時計

分類 (2件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  ウイルスの生化学  (EG04030F)

タイトルに関連する用語 (9件)： 縮重 ,  PCR ,  コンピュータ ,  データ解析 ,  イヌ ,  ゲノム ,  内在性レトロウイルス ,  同定 ,  分類