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J-GLOBAL ID：201202211531076115   整理番号：12A1047996

蛋白質折畳みにおける自然競争立体配座として鏡像

Mirror Images as Naturally Competing Conformations in Protein Folding

著者 (6件)： NOEL Jeffrey K. (Rice Univ., Texas, USA) ,  SCHUG Alexander (Karlsruhe Inst. Technol., Karlsruhe, DEU) ,  VERMA Abhinav (Karlsruhe Inst. Technol., Karlsruhe, DEU) ,  WENZEL Wolfgang (Karlsruhe Inst. Technol., Karlsruhe, DEU) ,  GARCIA Angel E. (Rensselaer Polytechnic Inst., New York, USA) ,  ONUCHIC Jose N. (Rice Univ., Texas, USA)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 23  ページ： 6880-6888  発行年： 2012年06月14日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質の誤った折畳みと機能損失を防止するため自然状態の蛋白質の立体配置は熱力学的に安定であると共に速度論的にアクセスできるので,進化は蛋白質配列を自然状態の幾何学と因果関係にあるように選択する。コイルドコイル螺旋束のような単純蛋白質の幾何学において対称性は同じ二次構造と類似の自然接触相互作用を有する蛋白質折畳みにおける大域的に異なる競争性近鏡像を生む。二次構造含量を調べることによる円二色性のような実験技法はこれらの折畳みを容易に見分けることができない。ここでは,ぶどう球菌蛋白質AのB/Eドメイン(Bdpa及びEdpa)を用い,対称性によって構築された跳上げ戸を自然に起こす三本の螺旋鎖の自由エネルギー景観を調べることによって自然折畳みと鏡像がエネルギー学的に競争性であるかどうかを明らかにすることを意図した。特異的計算アプローチからバイアスを防止するため,本研究は構造予測力の場PFF01/02,Amber94力の場を用いる明示溶媒レプリカ交換分子動力学(MD)及びエネルギー景観理論を基礎にした構造に基づくシミュレーションを使用した。自然折畳みとその鏡像が類似のエンタルピー安定性を有し,熱力学的に競争的であることを観測した。鏡像折畳みは一層高速折畳み速度論を有し,速度論的トラップとして機能できる証拠がある。すべて纏め,このシミュレーションは鏡像がまさしく計算うるささでなく,環境条件または機能性配慮に依存して切り替わる競争折畳みであることを示唆した。

シソーラス用語： *細菌タンパク質 ,  *折畳み構造 ,  立体配置 ,  幾何学 ,  アミノ酸配列 ,  因果律 ,  超螺旋 ,  ヘリックス構造 ,  三重螺旋 ,  二次構造 ,  *立体配座 ,  画像 ,  対称性 ,  速度論 ,  競争力 ,  力の場 ,  レプリカ法 ,  分子動力学 ,  計算機シミュレーション ,  熱力学的安定度 ,  自由エネルギー ,  エンタルピー ,  バイアス
準シソーラス用語： コイルドコイル ,  ブドウ球菌蛋白質A ,  レプリカ交換 ,  因果関係 ,  競争性 ,  鏡像 ,  蛋白質の誤った折畳み ,  蛋白質折畳み ,  蛋白質立体配座 ,  蛋白質二次構造 ,  熱力学的安定性 ,  分子動力学シミュレーション ,  螺旋構造

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (4件)： 蛋白質折畳み ,  競争 ,  立体配座 ,  鏡像