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J-GLOBAL ID：201202212179094414   整理番号：12A0807868

ブレークポイント系統発生論のためのNoCベースハードウェアアクセラレータ

NoC-Based Hardware Accelerator for Breakpoint Phylogeny

著者 (5件)： MAJUMDER Turbo (Washington State Univ., WA) ,  SARKAR Souradip (Intel Labs Europe, Leuven) ,  SARKAR Souradip (Universiteit Gent, BEL) ,  PANDE Partha Pratim (Washington State Univ., WA) ,  KALYANARAMAN Ananth (Washington State Univ., WA)
資料名： IEEE Transactions on Computers  (IEEE Transactions on Computers)
巻： 61  号： 6  ページ： 857-869  発行年： 2012年06月 
JST資料番号： C0233A  ISSN： 0018-9340  CODEN： ICTOB4  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 系統発生論は内在する遺伝コンテンツに基づく,有機体における進化関係性の研究である。最大倹約系統発生木構成は,一連の種を所与としたブレークポイント中央値の発見に基づき,有界端部-重みグラフモデルによって表現される。ブレークポイント中央値問題を,グラフ理論におけるNP完全問題である巡回セールスマン問題(TSP)の多重インスタンス解決へと低減させる。系統発生におけるブレークポイント中央値問題を高速化すべく,NoCベースマルチコアアーキテクチャの設計/実装/性能評価に取組んだ。多重処理要素(PE)からの細粒度並列処理を活用し,PE間通信のために効率的NoCアーキテクチャを用いた。TSPの計算ボトルネックとなる特殊下限演算を最適化して,アプリケーションを高速化した。提案方式が,マルチスレッドGRAPPA(Genome Rearrangements Analysis under Parsimony and other Phylogenetic Algorithms)ソフトウェアに関して飛躍的な高速化を達成すること,および入力遺伝子における関係性が設計のタイミング性能に影響し,ソフトウェア方式が膨大な実行時間ペナルティを招く場合はより大きな高速化を実現することを示した。ネットワークアーキテクチャにおける,四分木のメッシュに対するエネルギー効率優位性を例証した。

シソーラス用語： *グラフ理論 ,  *プログラム検証 ,  系統発生 ,  *巡回セールスマン問題 ,  *超LSI ,  高速計算 ,  中央値 ,  節約 ,  ゲノム ,  四分木 ,  マルチプロセッサシステム ,  並列処理 ,  ネットワークアーキテクチャ ,  性能評価
準シソーラス用語： ブレークポイント【プログラム検証】 ,  NoC ,  アクセラレータ ,  倹約 ,  マルチコアアーキテクチャ

分類 (1件)： 計算理論  (JB02000A)

タイトルに関連する用語 (4件)： ブレークポイント ,  系統発生論 ,  NoC ,  ハードウェアアクセラレータ