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J-GLOBAL ID：201202214858514530   整理番号：12A1421174

DNAホスホロチオアート化の立体効果に関する理論研究:Rp-ホスホロチオアート化DNAにおけるB-螺旋不安定化

Theoretical Study on Steric Effects of DNA Phosphorothioation: B-Helical Destabilization in Rp-Phosphorothioated DNA

著者 (10件)： ZHANG Yi-Chao (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN) ,  LIANG Juan (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN) ,  LIAN Peng (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN) ,  HAN Yiwen (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN) ,  CHEN Yifan (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN) ,  BAI Linquan (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN) ,  WANG Zhijun (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN) ,  LIANG Jingdan (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN) ,  DENG Zixin (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN) ,  ZHAO Yi-Lei (Shanghai Jiao Tong Univ., Shanghai, CHN)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 35  ページ： 10639-10648  発行年： 2012年09月06日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ホスフェートの非架橋酸素置換した硫黄を用いるホスホロチオアート化は細菌DNA電気泳動に姿を現してきた。チオ置換DNAの構造特性を理解するため,ホスファート/ホスホロチオアート結合と主鎖ねじれの相対的エネルギー間の相関を調べた。二乗相関係数r²0.90~0.95を生じる主鎖ねじり変数に対するエネルギースコーリング関数を構築するため量子力学法,PBE1PBE(CPCM,溶媒=水)//PBE1PBE/6-31+G(2df)の理論水準によって計算した相対的エネルギーを使用した。ホスホロチオアート化によるDNAエネルギー変化をDNA結晶学的データベース(NBD)中ホスフェート結合のホスフェートとホスホロチオアート間の相対的エネルギー差でもって推定した。結果として,Rp-ホスホロチオアート化は2.7±3.4kcak/molほどB螺旋構造の相対的エネルギーをシフトして約95%結合を不安定化し,一方,-1.4±2.4kcak/molほどSp-ホスホロチオアート化はデータセット中84%以上結合を安定化した。B螺旋構造不安定化はRp-ホスホロチオアートの硫黄原子とBヘリックス中溝壁上のデオキシリボースの隣接C-H基間立体効果によって生じるらしい。非架橋ホスホロチオアート上の主鎖ねじりαとζを含むP-Oの強化剛性によって不相応な相互作用を証明した。Bヘリックスは最も優先的なDNA二重螺旋構造であり,Rp-ホスホロチオアート化は最近見いだされた細菌チオ-DNAにおける例外的立体配置であるので,観測した立体特異性不安定性相関は生物学的DNA-ホスホロチオアート化の構造-機能関係を反映している。

シソーラス用語： *チオリン酸 ,  無機酸エステル ,  *リン酸塩 ,  *構造特性 ,  *立体効果 ,  ヘリックス構造 ,  ねじり ,  二重螺旋 ,  剛性 ,  立体特異性 ,  不安定性 ,  立体配置 ,  構造活性相関 ,  相関係数 ,  スコーリング ,  量子論 ,  汎関数 ,  基底関数系 ,  結晶学 ,  データベース ,  ヘリシティ ,  回帰分析 ,  立体配座
準シソーラス用語： ホスファート ,  ホスホロチオエート ,  不安定化 ,  螺旋構造 ,  ねじれ ,  ねじり剛性 ,  構造-機能相関 ,  量子力学 ,  DNAデータベース ,  線形回帰 ,  核酸立体配座

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (8件)： DNA ,  ホスホロチオアート ,  立体効果 ,  理論 ,  研究 ,  RP ,  螺旋 ,  不安定化