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J-GLOBAL ID：201202217561441525   整理番号：11A1411340

蛋白質-蛋白質相互作用の解析に適用される新規な加重機能類似性アルゴリズム

A Novel Weighted Functional Similarity Algorithm Applied to Analyze the Protein-protein Interaction*

著者 (4件)： Wang Dong (Key Lab. of Bio-resources and Eco-environment of Ministry of Education, Coll. of Life Sciences, Sichuan Univ., China ...) ,  Xu Tao (Key Lab. of Bio-resources and Eco-environment of Ministry of Education, Coll. of Life Sciences, Sichuan Univ., China ...) ,  Li Lingjin (Key Lab. of Bio-resources and Eco-environment of Ministry of Education, Coll. of Life Sciences, Sichuan Univ., China ...) ,  Du Linfang (Inst. for Nanobiomedical Technol. and Membrane Biology, Sichuan Univ., China, Chengdu)
資料名： Yingyong yu Huanjing Shengwu Xuebao  (Yingyong yu Huanjing Shengwu Xuebao)
巻： 16  号： 3  ページ： 420-423  発行年： 2010年 
JST資料番号： W1511A  ISSN： 1006-687X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： 意味類似性計算は,ジーンオントロジーに基づいた遺伝子産物間の類似性を測定する主要な方法の一つである。2段階アプローチを伴う大半の意味に基づいた適用は,対でのGOタームの意味類似性計算及び関連GOタームのすべての可能な組み合わせの機能類似性計算を含んだ。最初の段階における意味類似性計算に焦点を当てた研究は多数存在する。しかしながら,GOタームの類似性を蛋白質の類似性に高める方法は,なおも複数の問題とともに考慮される。本研究において,加重機能類似性アルゴリズム(wfcSim)とよばれる新規アルゴリズムを提案し,平均ベース法のいくつかの欠点に取り組んだ。Homo sapiens及びCaenorhabditis elegansの相互作用蛋白質データベース(DIP)由来蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)を分析するために,Ave及びwfcSimなどの4種類の機能類似性アルゴリズムに対するレシーバー-オペレーター特性(ROC)曲線による分析が,他の平均法の中で最良であることを立証した。Data from the ScienceChina, LCAS. Translated by JST

シソーラス用語： *分子間相互作用 ,  タンパク質 ,  相似解 ,  類似性 ,  意味解析 ,  ヒト ,  Caenorhabditis elegans ,  データベース ,  *計算機アルゴリズム
準シソーラス用語： *wfcSim ,  *蛋白質-蛋白質相互作用

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 蛋白質-蛋白質相互作用 ,  解析 ,  加重 ,  類似性 ,  アルゴリズム