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J-GLOBAL ID：201202217695042112   整理番号：12A1031701

原子論シミュレーションによって解明された立体ジッパーペプチドオリゴマ形成の推進力及び構造決定要因

Driving Forces and Structural Determinants of Steric Zipper Peptide Oligomer Formation Elucidated by Atomistic Simulations

著者 (3件)： MATTHES Dirk ,  GAPSYS Vytautas ,  DE GROOT Bert L.
資料名： Journal of Molecular Biology  (Journal of Molecular Biology)
巻： 421  号： 2-3  ページ： 390-416  発行年： 2012年08月10日 
JST資料番号： D0124B  ISSN： 0022-2836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 核形成に関与するオリゴマ種についての詳細な構造情報は,実験から容易に推論することができない。本研究では,マイクロ秒時間スケールで,原子論の分子動力学シミュレーションによって,タウ蛋白質,インシュリン及びαシヌクレインに由来する立体ジッパーペプチドの自発的集合について検討した。得られた結果から,βシートの動力学的順序化や出現は,崩壊状態で最適化されたペプチド間相互作用によって主に駆動されるが,部分的に規則的なペプチドオリゴマの最初の形成は,溶媒和自由エネルギーによって管理されることを示唆した。集団座標に基づく新規なマッピング技術は,小さなオリゴマ構造体の立体配座全体の類似性や違いを強調するために使用した。原子論詳細から動力学的に多形性のβシートオリゴマ立体配座を解明することによって,立体的ジッパー構造に似た相補性シートパッキンッグ特性を示唆したが,線維状態か結晶状態で見出される交差βモチーフに比べて,ストランド配向パターンやsheet to sheet配列に大きな不均一性があることを示唆した。Copyright 2012 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 凝集 ,  アミロイド ,  核形成 ,  配座転移 ,  分子動力学 ,  計算機シミュレーション ,  *ペプチド ,  *オリゴマ ,  τタンパク質 ,  タンパク質 ,  β構造 ,  溶媒和 ,  自由エネルギー ,  立体配座 ,  インスリン
準シソーラス用語： インシュリン ,  ペプチド凝集 ,  *ジッパーペプチド ,  α-シヌクレイン ,  βシート構造

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (4件)： シミュレーション ,  立体 ,  推進力 ,  要因