文献

J-GLOBAL ID：201202220685539028   整理番号：12A0625397

分子内相互作用の解析から蛋白質構造におけるドメイン同定

Identification of Domains in Protein Structures from the Analysis of Intramolecular Interactions

著者 (4件)： GENONI Alessandro (Istituto di Chimica del Riconoscimento Molecolare, CNR, Milano, Ital) ,  GENONI Alessandro (Univ. de Lorraine, Vandoeuvre-les-Nancy, FRA) ,  MORRA Giulia (Istituto di Chimica del Riconoscimento Molecolare, CNR, Milano, Ital) ,  COLOMBO Giorgio (Istituto di Chimica del Riconoscimento Molecolare, CNR, Milano, Ital)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 10  ページ： 3331-3343  発行年： 2012年03月15日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子内相互作用解析から蛋白質構造の一層小さな独立構造ドメインへ細分化は蛋白質の進化と機能を理解する上で及び蛋白質の分類法と同様に実験データ解釈において基本的重要性を有している。幾つかの解析された蛋白質構造における急速な発展により,正確な新アルゴリズム法を工夫する必要性がますます急務になってきている。蛋白質を構造ドメインに分解する方法:ある方法は各構造評価のためのヒト専門性(相互戦略)と他の方法は完全自動化(アルゴリズム技法)である。ここでは,独立した小型折畳み単位としてドメイン概念に基づく及び古典的全原子力の場計算を通して得ることができる残基-残基エネルギー相互作用の解析に基づく新計算アプローチを提案した。特に,蛋白質に関連した非結合相互作用エネルギー行列の解析から出発して,著者らの方法をフィルターして複雑蛋白質構造内部で可能な独立した折畳み核を定義する相互作用行列の特異なサブセットのみを選出した。このことは種々の蛋白質フラグメント構造ドメインに対応することを見いだしたエネルギークラスタにグループ分けすることを可能にする。適切なベンチマークセットを用いて,戦略を試験し,結果は全体のab initio方式で試験中の系の訓練セットまたは知見を用いることなくドメイン数を決定することにおいて新アプローチが高速で信頼できることを示した。更に,この方法は各ドメインの安定化に対する最も関連する残基を同定し,他の分類技法によって与えられる結果を補完し,新しい実験を設計し,指針する有用な情報を提供した。

シソーラス用語： *タンパク質 ,  *アミノ酸配列 ,  アミノ酸残基 ,  結晶構造 ,  *折畳み構造 ,  *分子内相互作用 ,  分子間相互作用 ,  原子モデル ,  力の場 ,  アルゴリズム ,  ベンチマーク ,  ab initio MO法 ,  固有ベクトル ,  固有値 ,  クラスタ化 ,  分域構造 ,  逆位相境界 ,  部分集合
準シソーラス用語： グループ分け ,  サブセット ,  ドメイン構造 ,  専門性 ,  全原子モデル ,  相互作用エネルギー ,  非結合相互作用 ,  分域境界 ,  分類法

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 分子内相互作用 ,  解析 ,  蛋白質構造 ,  ドメイン ,  同定