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J-GLOBAL ID：201202222391029164   整理番号：12A1226564

主成分空間中の分子動力学

Molecular Dynamics in Principal Component Space

著者 (5件)： MICHIELSSENS Servaas (Katholieke Universiteit Leuven, Leuven, BEL) ,  VAN ERP Titus S. (Katholieke Universiteit Leuven, Leuven, BEL) ,  KUTZNER Carsten (Max Planck Inst. Biophysical Chemistry, Goettingen, DEU) ,  CEULEMANS Arnout (Katholieke Universiteit Leuven, Leuven, BEL) ,  DE GROOT Bert L. (Max Planck Inst. Biophysical Chemistry, Goettingen, DEU)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 29  ページ： 8350-8354  発行年： 2012年07月26日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質動力学は機能にとって必須である。しかしながら,原子水準で蛋白質動力学は実験的に調べるには周知のごとく困難である。それゆえ,分子シミュレーションが蛋白質中の構造-機能関係を調べるためルーチン的に使用されている。この脈絡で,ポテンシャルエネルギー面の異方性を補償するため質量を変える主成分空間中の分子動力学アルゴリズムを示した。アルゴリズムはサンプリングが質量を固有値の逆平方根に比例する主成分に割り当てることによって集団を変えることなく改良できることを示した。すなわち,直交空間の代わりに主成分分析(PCA)ベクトル空間でサンプリングを行った。シミュレーションの段取りは系の予備知識を必要としない;固有値ベクトルと固有値を抽出するための短い初期分子動力学シミュレーションが必要に応じている。独立測定は正規の分子動力学シミュレーションに比較して6~7倍の速いサンプリングを指示した。

シソーラス用語： *タンパク質 ,  *分子動力学 ,  *構造活性相関 ,  分子構造 ,  計算機シミュレーション ,  モンテカルロ法 ,  計算化学 ,  *ポテンシャルエネルギー面 ,  異方性 ,  主成分分析 ,  信号標本化 ,  固有値 ,  固有ベクトル ,  ベクトル空間 ,  アルゴリズム
準シソーラス用語： サンプリング【標本化】 ,  固有値ベクトル ,  構造-機能相関 ,  蛋白質動力学 ,  分子シミュレーション ,  分子動力学シミュレーション

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (1件)： 分子動力学