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J-GLOBAL ID：201202224332315520   整理番号：12A1447814

確率トピックモデルによるヒト腸ミクロビオームの機能群推定

Estimating Functional Groups in Human Gut Microbiome With Probabilistic Topic Models

著者 (6件)： CHEN Xin (Drexel Univ., PA) ,  HE TingTing (Central China Normal Univ., Wuhan, CHN) ,  HU Xiaohua (Drexel Univ., PA) ,  ZHOU Yanhong (Huazhong Univ. Sci. and Technol., CHN) ,  AN Yuan (Drexel Univ., PA) ,  WU Xindong (Univ. Vermont, VT, USA)
資料名： IEEE Transactions on Nanobioscience  (IEEE Transactions on Nanobioscience)
巻： 11  号： 3  ページ： 203-215  発行年： 2012年09月 
JST資料番号： W1381A  ISSN： 1536-1241  CODEN： ITMCEL  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： メタゲノム試料の遺伝子発現データがコードしている機能群の構造を,非冗長性CD(蛋白質コード配列)カタログ由来の機能要素に確率トピックモデリングを適用することにより推測した。微生物試料の研究に用いる場合,各試料は機能群(ラテントトピック)混合物を持つ「ドキュメント」であると考えた。各ラテントトピック群は機能要素の重量混合であった。ヒト腸微生物試料から推定した機能群の結果は,提案法の有効性を実証した。

シソーラス用語： *ゲノム ,  腸 ,  ヒト ,  *確率モデル ,  遺伝学実験技術 ,  *遺伝学 ,  データマイニング
準シソーラス用語： *トピックモデル ,  *ミクロビオーム ,  *メタゲノミクス ,  分子配列注釈

分類 (2件)： 微生物の生化学  (EG03020N) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： 確率 ,  トピックモデル ,  ヒト ,  腸 ,  ミクロビオーム ,  推定