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J-GLOBAL ID：201202231754790805   整理番号：12A1238134

ヒトプロテオミクスアトラスに向けて

Towards a human proteomics atlas

著者 (8件)： GONNELLI Giulia (VIB, Dep. of Medical Protein Res., A. Baertsoenkaai 3, 9000, Ghent, BEL) ,  GONNELLI Giulia (Ghent Univ., Dep. of Biochemistry, 9000, Ghent, BEL) ,  HULSTAERT Niels (VIB, Dep. of Medical Protein Res., A. Baertsoenkaai 3, 9000, Ghent, BEL) ,  HULSTAERT Niels (Ghent Univ., Dep. of Biochemistry, 9000, Ghent, BEL) ,  DEGROEVE Sven (VIB, Dep. of Medical Protein Res., A. Baertsoenkaai 3, 9000, Ghent, BEL) ,  DEGROEVE Sven (Ghent Univ., Dep. of Biochemistry, 9000, Ghent, BEL) ,  MARTENS Lennart (VIB, Dep. of Medical Protein Res., A. Baertsoenkaai 3, 9000, Ghent, BEL) ,  MARTENS Lennart (Ghent Univ., Dep. of Biochemistry, 9000, Ghent, BEL)
資料名： Analytical & Bioanalytical Chemistry  (Analytical & Bioanalytical Chemistry)
巻： 404  号： 4  ページ： 1069-1077  発行年： 2012年09月 
JST資料番号： E0425B  ISSN： 1618-2642  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： プロテオミクス研究は,過去数年間,生命科学においてますます重要な役割を果たしてきた。出版社と資金提供者からの強力な推進力のために,学会も,非常に人気があるPRIDEデータベースなどの公開リポジトリを利用しながら,本格的にそのデータを自由に共有することを開始した。公式に入手できるこれらのデータの再利用は,今までのところ,かなり特異な的を絞った再分析に制限されるが,この限定された再利用が,リポジトリの指数関数的な増大と共に劇的に拡大している。大規模な再利用の例は,他のオミクス分野で容易に見出され,ここでは,一層包括的なデータが長期にわたってすでに蓄積されてきた。本研究では,統合的なデータの再利用の典型例をいわゆる発現atlaseの構築によって示す。したがって,筆者らは,タンデムMSによる無標識定量からロバストで組織特異的蛋白質の発現アトラスの構築のために,PRIDEデータベースの現在保存されているヒトのデータの利用にかかわる問題を調べる。Copyright 2012 Springer-Verlag Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *プロテオミクス ,  リポジトリ ,  *ヒト ,  地図 ,  質量分析 ,  定量分析 ,  情報科学 ,  生物学
準シソーラス用語： アトラス ,  バイオインフォマティクス

分類 (1件)： 生物物理的研究法  (EA03020V)

引用文献 (39件)：

• Nilsson T, Mann M, Aebersold R, Yates JR, Bairoch A, Bergeron JJM (2010) Mass spectrometry in high-throughput proteomics: ready for the big time. Nat Methods 7:681-685
• Craig R, Cortens JP, Beavis RC (2004) Open source system for analyzing, validating, and storing protein identification data. J Proteome Res 3:1234-1242
• Martens L, Hermjakob H, Jones P, Adamski M, Taylor C, States D, Gevaert K, Vandekerckhove J, Apweiler R (2005) PRIDE: the proteomics identifications database. Proteomics 5:3537-3545
• Desiere F, Deutsch EW, Nesvizhskii AI, Mallick P, King NL, Eng JK, Aderem A, Boyle R, Brunner E, Donohoe S, Fausto N, Hafen E, Hood L, Katze MG, Kennedy KA, Kregenow F, Lee H, Lin B, Martin D, Ranish JA, Rawlings DJ, Samelson LE, Shiio Y, Watts JD, Wollscheid B, Wright ME, Yan W, Yang L, Yi EC, Zhang H, Aebersold R (2005) Integration with the human genome of peptide sequences obtained by high-throughput mass spectrometry. Genome Biol 6:R9
• Barsnes H, Cote RG, Eidhammer I, Martens L (2010) OLS Dialog: an open-source front end to the Ontology Lookup Service. BMC Bioinformatics 11:34