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J-GLOBAL ID：201202232113171559   整理番号：12A0822524

ルーメン原虫と関連するメタン細菌の群集構造分析は一般的古細菌プライマーで偏りを示す

Community Structure Analysis of Methanogens Associated with Rumen Protozoa Reveals Bias in Universal Archaeal Primers

著者 (2件)： TYMENSEN Lisa D. (Agriculture and Agri-Food Canada, Alberta, CAN) ,  MCALLISTER Tim A. (Agriculture and Agri-Food Canada, Alberta, CAN)
資料名： Applied and Environmental Microbiology  (Applied and Environmental Microbiology)
巻： 78  号： 11  ページ： 4051-4056  発行年： 2012年06月 
JST資料番号： A0427A  ISSN： 0099-2240  CODEN： AEMIDF  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 畜牛における原虫関連メタン細菌の多様性が,5つの一般的な古細菌の小サブユニット(SSU)rRNA遺伝子プライマーセットを用いて検討されていたが,その配列ライブラリーには偏りがある。そこでプライマーバイアスについて試験し,より有用なプライマーを検討した。5つのプライマーセットを用いてそれぞれのライブラリーと系統樹を作成し,各プライマーの配列ミスマッチについても試験した。その結果,Methanobrevibacter種とルーメンクラスターC(RCC)が優勢であり,先行研究の結果とは異なった。プライマーにより分類群に偏った拡大が生じると考えられた。試験したプライマーセットのうち,最も包括的でRCCとMethanobrevibacter種のクレードを検出するプライマーの1セットを見出した。またプライマー配列ミスマッチの分析から,プライマーバイアスを最小限にするプライマーについても示した。

シソーラス用語： *メタン生成細菌 ,  RNA【核酸】 ,  プライマー【遺伝】 ,  遺伝子ライブラリー ,  *バイアス ,  不整合 ,  *PCR法 ,  瘤胃微生物 ,  *ミクロフローラ
準シソーラス用語： SSU rRNA ,  *微生物群集構造 ,  Methanobrevibacter ,  リアルタイム定量PCR

分類 (2件)： 微生物形態学・分類学  (EG03030Y) ,  微生物検査法  (EG02020G)

タイトルに関連する用語 (8件)： ルーメン ,  原虫 ,  メタン細菌 ,  群集 ,  構造分析 ,  古細菌 ,  プライマー ,  偏り