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J-GLOBAL ID：201202233646675610   整理番号：12A1510282

生細胞の合成的リボ調節を加工するための小分子RNA回路の新たな自動化デザイン

De novo automated design of small RNA circuits for engineering synthetic riboregulation in living cells

著者 (4件)： RODRIGO Guillermo (Genopole-Univ. Evry Val d’Essonne, Evry, FRA) ,  RODRIGO Guillermo (Universidad Politecnica de Valencia, Valencia, ESP) ,  LANDRAIN Thomas E. (Genopole-Univ. Evry Val d’Essonne, Evry, FRA) ,  JARAMILLO Alfonso (Genopole-Univ. Evry Val d’Essonne, Evry, FRA)
資料名： Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)
巻： 109  号： 38  ページ： 15271-15276  発行年： 2012年09月18日 
JST資料番号： D0387A  ISSN： 0027-8424  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生細胞におけるRNA相互作用の理解とその結果の調節因子の活用は新規合成的生物学に応用し得る。今回,完全な自動化デザイン方法論を用い,細胞環境下の合成的RNA相互作用回路について報告した。物理化学モデルに基づくコンピューターアルゴリズムは,前もって定めた構造に匹敵する配列空間を探索することにより新規RNA配列を示した。多様な構造の数種リボ調節因子と相互作用モデルをデザインすることにより,大腸菌にこの方法論を応用した。その結果,生成エネルギーと活性化エネルギー(ハイブリダイゼーション反応を開始するために打ち破る自由エネルギーバリア)は,細菌のRNA相互作用と調節を加工するための十分な指標であることを示唆した。このリボ調節装置は,独立して働き,転写調節との組み合わせで複雑な論理回路を作成した。本結果は,コンピューター方法論が生細胞のアロステリックに相互作用を示すRNAを加工する上に用い得ると結論した。

シソーラス用語： 細胞 ,  アンチセンスRNA ,  *分子間相互作用 ,  計算機アルゴリズム ,  *RNA【核酸】 ,  大腸菌 ,  活性化エネルギー ,  分子ハイブリダイゼーション ,  自由エネルギー ,  *遺伝的調節 ,  論理回路 ,  アロステリック効果 ,  細胞分画法 ,  プラスミド
準シソーラス用語： 小分子RNA ,  生細胞 ,  生成エネルギー ,  蛋白質-RNA相互作用 ,  *転写後調節 ,  FACS

分類 (2件)： 生物学的機能  (EB04020F) ,  遺伝子操作  (EC02050B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 生細胞 ,  調節 ,  小分子RNA ,  自動化 ,  デザイン