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J-GLOBAL ID：201202234278697000   整理番号：12A0562243

二本鎖RNAにおける直接の鎖切断にはC5ピリミジンラジカルを経由して行われる

Direct Strand Scission in Double Stranded RNA via a C5-Pyrimidine Radical

著者 (4件)： RESENDIZ Marino J. E. (Johns Hopkins Univ., Maryland, USA) ,  POTTIBOYINA Venkata (Oakland Univ., Michigan, USA) ,  SEVILLA Michael D. (Oakland Univ., Michigan, USA) ,  GREENBERG Marc M. (Johns Hopkins Univ., Maryland, USA)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 134  号： 8  ページ： 3917-3924  発行年： 2012年02月29日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 核酸塩基ラジカルは,核酸がγ放射線に曝されて生成する中間反応体のファミリーである。5,6-ジヒドロウリジン-5-イル ラジカル(1)は,水素原子付加による産物で,一本鎖または二本鎖RNAにおけるNorrish I型光開裂反応を介したケトン前駆体から独立に発生する。ラジカル(1)は5’側の隣接塩基で直接鎖切断し,ラジカル発生の初期で,わずかな量の鎖切断物が観察される。ここでは光化学的に5,6-dihydrouridin-5-ylラジカル(1)や5,6-dihydrouridin-6-ylラジカル(2)を発生する前駆体を含むRNAを合成し,その鎖切断反応を検討した。嫌気的条件下で二次構造上のラジカル(1)から鎖切断効率の依存性は,二本鎖RNAで,優先的におこる。また5’側の隣接塩基の種類を代えても鎖切断には全く影響しない事が示された。鎖切断で放出されるフラグメントの3’側はリン酸基を持つフラグメントの方がケトヌクレオチドをもつフラグメントの生成より優位であることが示された。この生成比は,酸性pHよりも中性pHの方が大きかった。ヌクレオチド間鎖切断は,(1)によって3’リン酸のβ脱離,次にC2’位の水素原子の抜き取りを介して行われる。続いて形成されるオレフィンカチオンラジカルが,競合する脱プロトン化経路から3’リン酸塩または3’-デオキシ-2’-ケトヌクレオチド末端を含むRNA断片を生ずる反応経路が示された。このケトヌクレオチド末端基は,低濃度のチオールの存在下でより多く生成するので,恐らくエノールからカチオンラジカルを還元することによって起こると考えられる。このチオールの競合研究は(1)由来の鎖切断がラジカル(2)由来の切断よりも著しく速いことと,後者が2.8kcal/molだけ(1)よりも安定であることを予測したG3B3法を用いた計算結果と一致していることからも推定できる。

シソーラス用語： *二本鎖RNA ,  核酸塩基 ,  ラジカル ,  反応経路 ,  γ線照射 ,  フラグメンテーション
準シソーラス用語： *RNA鎖切断 ,  光開裂

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (2件)： 二本鎖RNA ,  C5