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J-GLOBAL ID：201202235776126386   整理番号：12A1717160

フラックスシミュレータによる一般的RNA-Seq実験のモデリングおよびシミュレーティング

Modelling and simulating generic RNA-Seq experiments with the flux simulator

著者 (12件)： GRIEBEL Thasso (Centre de Regulacio Genomica (CRG), Barcelona, ESP) ,  GRIEBEL Thasso (Functional Bioinformatics Group, Centre Nacional d’Analisi Genomica (CNAG), Barcelona) ,  ZACHER Benedikt (Functional Bioinformatics Group, Centre Nacional d’Analisi Genomica (CNAG), Barcelona) ,  ZACHER Benedikt (Computational Biology and Regulatory Networks Group, Munich, DEU) ,  RIBECA Paolo (Centre de Regulacio Genomica (CRG), Barcelona, ESP) ,  RIBECA Paolo (Centre Nacional d’Analisi Genomica (CNAG), Barcelona, ESP) ,  RAINERI Emanuele (Centre Nacional d’Analisi Genomica (CNAG), Barcelona, ESP) ,  LACROIX Vincent (Centre de Regulacio Genomica (CRG), Barcelona, ESP) ,  LACROIX Vincent (Univ. Lyon 1, Villeurbanne, FRA) ,  GUIGO Roderic (Centre de Regulacio Genomica (CRG), Barcelona, ESP) ,  SAMMETH Michael (Centre de Regulacio Genomica (CRG), Barcelona, ESP) ,  SAMMETH Michael (Functional Bioinformatics Group, Centre Nacional d’Analisi Genomica (CNAG), Barcelona)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 40  号： 20  ページ： 10073-10083  発行年： 2012年11月09日 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 異なるサンプル調製プロトコルおよび配列決定プラットホームを含む細胞内RNA補完から構築されたcDNAライブラリーのハイスループット配列決定(RNA-Seq)を解析した。その各段階に対し,実験プロトコルの実験的属性によりパラメータ化できる広く応用可能なモデルを開発した。フラックスシミュレータと呼ばれる計算機シミュレーションにおいてこのモデルを実行し,これらモデルの異なる組合せにより作られた読取分布は対応する実験から得られた対応する証拠を再現することを示した。さらに,今回のin silico RNA-Seqは遺伝子体に沿った読取の最終構成を決定するような隠された前駆体に関する洞察を与え,明らかに問題のある観測を説明する増強または補償効果が観察されることを示した。

シソーラス用語： *計算機シミュレーション ,  *遺伝子ライブラリー ,  *cDNA ,  *遺伝学実験技術 ,  *モデリング ,  試料調製 ,  RNA【核酸】 ,  パラメタリゼーション ,  モデル ,  遺伝子 ,  前駆体
準シソーラス用語： *cDNAライブラリー ,  in silico ,  サンプル調製 ,  *ヌクレオチド配列決定 ,  パラメータ化

分類 (4件)： 計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  遺伝子操作  (EC02050B) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (6件)： フラックス ,  シミュレータ ,  RNA-seq ,  実験 ,  モデリング ,  シミュレーティング