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J-GLOBAL ID：201202236166709700   整理番号：12A1578567

Spectococcus pneumoniae由来のヒアルロン酸リアーゼが触媒反応したヒアルロン酸分解における初期事象:QM/MMシミュレーション

Initial Events in the Degradation of Hyaluronan Catalyzed by Hyaluronate Lyase from Spectrococcus pneumoniae: QM/MM Simulation

著者 (3件)： ZHENG Min (Sichuan Univ., Sichuan, P. R China) ,  ZHANG Hongling (Southwest Jiaotong Univ., Sichuan, CHN) ,  XU Dingguo (Sichuan Univ., Sichuan, P. R China)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 36  ページ： 11166-11172  発行年： 2012年09月13日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Streptococcus pneumoniae由来のヒアルロン酸リアーゼが細胞外マトリックス中一主要成分であるヒアルロン酸を分解する。炭水化物分解はバイオマス変換及びヒト健康問題を含む多くの様相で幾つかの重要役割を演じる。この酵素のヒアルロン糖類分解機構は,特に一般的塩基を同定することにおいていまだに議論のもとになっている。ヒアルロン酸の主要機能は水収支と浸透圧を調整することであり,イオン交換樹脂として働く。ここでは,酵素反応,すなわち開始反応配座異性体の前提条件問題に焦点を絞った。量子力学/分子力学(QM/MM)動力学シミュレーションと自由エネルギープロフィルを基礎にして,ヒアルロン酸リアーゼが触媒反応したヒアルロン酸分解について近攻撃性配座異性体を得た。基質結合と一緒にTyr408のフェニルヒドロキシル水素原子が近無障壁遷移状態を経由して近傍His399に移動し,負荷電Tyr408と正荷電His399を形成した。Tyr408は先に提案したHis399よりも逐次β脱離反応に対する一般的塩基として働いた。His399はC5カルボキシル基を中性化する機能を有することを示唆した。

シソーラス用語： 肺炎球菌 ,  *ヒアルロニダーゼ【EC3.2.1.35-36】 ,  *ヒアルロニダーゼ【EC4.2.2.1】 ,  触媒反応 ,  *ヒアルロン酸 ,  *分解反応 ,  細胞外マトリックス ,  水収支 ,  浸透圧 ,  イオン交換樹脂 ,  連鎖開始反応 ,  立体異性体 ,  結合部位 ,  酵素基質複合体 ,  遷移状態 ,  障壁 ,  アミノ酸配列 ,  アミノ酸残基 ,  脱離反応 ,  逐次反応 ,  塩基 ,  中性化 ,  分子内力学 ,  量子論 ,  計算機シミュレーション ,  酵素反応機構 ,  幾何学量 ,  変位 ,  結晶構造 ,  酵素反応 ,  カルボキシ基
準シソーラス用語： カルボキシル基 ,  Streptococcus pneumoniae ,  X線構造 ,  エネルギー障壁 ,  *ヒアルロン酸リアーゼ ,  基質結合部位 ,  幾何学的パラメータ ,  動力学シミュレーション ,  配座異性体 ,  分子力学 ,  平均力ポテンシャル ,  平均二乗変位 ,  量子力学 ,  量子力学/分子力学法

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (7件)： ヒアルロン酸リアーゼ ,  触媒反応 ,  ヒアルロン酸 ,  分解 ,  初期 ,  事象 ,  シミュレーション