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J-GLOBAL ID：201202238645228379   整理番号：12A0862501

ソフト制約を持つRNAフォールディング:探査データと熱力学的二次構造予測との調整

RNA folding with soft constraints: reconciliation of probing data and thermodynamic secondary structure prediction

著者 (10件)： WASHIETL Stefan (Massachusetts Inst. of Technol., MA, USA) ,  WASHIETL Stefan (Broad Inst. of MIT and Harvard, MA, USA) ,  HOFACKER Ivo L. (Univ. Vienna, Wien, AUT) ,  HOFACKER Ivo L. (Univ. Copenhagen, Frederiksberg, DNK) ,  STADLER Peter F. (Univ. Copenhagen, Frederiksberg, DNK) ,  STADLER Peter F. (Univ. Leipzig, Leipzig) ,  STADLER Peter F. (Max Planck Inst. for Mathematics in the Sci., Leipzig, DEU) ,  STADLER Peter F. (Santa Fe Inst., NM, USA) ,  KELLIS Manolis (Massachusetts Inst. of Technol., MA, USA) ,  KELLIS Manolis (Broad Inst. of MIT and Harvard, MA, USA)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 40  号： 10  ページ： 4261-4272  発行年： 2012年05月31日 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 熱力学的フォールディングアルゴリズムと構造探査実験はともにRNAsの二次構造決定に用いられるが,両者は必ずしも一致しない。予測アルゴリズムと探査実験の両者から得られた情報を調整する合理的なフレームワークが必要であり,本論文はそのフレームワークの提案に関する。このような予測値と実験値との不一致を最小化するためには,擬エネルギーを用いて熱力学的パラメータを適合させることが行われる。しかし本アプローチは,(1)必要な場合のみにエネルギーモデルを変更すること,(2)擬エネルギーが生物物理学的に意味があり解釈できる場合に限ること,(3)フォールディング構造の全体的熱力学的調和は失われず,矛盾するデータからのより最適な構造への再構築が可能であること,(4)探査データとアルゴリズムのノイズが異なる応力のソフト制約として見える直観的荷重因子として捉えられること,の4点を原則とした。本研究では,このフレームワーク内の擬エネルギーの反復計算を行う効率的なアルゴリズムを示し,SHAPE化学探索データと組合せることによって,RNA二次構造予測を改良することを示した。

シソーラス用語： *予測 ,  二次構造 ,  アルゴリズム ,  *測定データ ,  数値 ,  熱力学的性質 ,  モデル ,  制約条件
準シソーラス用語： *RNAフォールディング ,  *二次構造予測 ,  RNA二次構造 ,  予測アルゴリズム ,  *実験値 ,  予測値 ,  熱力学的パラメータ ,  エネルギーモデル ,  *ソフト制約

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (5件)： ソフト制約 ,  RNAフォールディング ,  探査 ,  熱力学 ,  二次構造予測