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J-GLOBAL ID：201202240427642591   整理番号：12A1712188

イブプロフェン配位子と相互作用するAβペプチドの明示溶媒分子動力学シミュレーション

Explicit Solvent Molecular Dynamics Simulations of Aβ Peptide Interacting with Ibuprofen Ligands

著者 (3件)： LOCKHART Christopher (George Mason Univ., Virginia, USA) ,  KIM Seongwon (George Mason Univ., Virginia, USA) ,  KLIMOV Dmitri K. (George Mason Univ., Virginia, USA)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 43  ページ： 12922-12932  発行年： 2012年11月01日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 全原子明示水モデルとレプリカ交換分子動力学を用い,Aβペプチド単量体と非ステロイド系消炎薬イブプロフェン配位子間の相互作用を調べた。ここで,イブプロフェンはAlzheimer病の危険を軽減することが知られた薬物であり,疎水性効果がAβペプチドヘイブプロフェン結合を支配しており,Aβペプチド中結合部位は疎水性アミノ酸から完全構成されている。負荷電イブプロフェン配位子と正荷電側鎖間電子相互作用は結合に比較的小さな寄与をした。配位子-ペプチド静電相互作用のペプチド内塩橋との競争によってこの成果を説明できた。実験との因果関係でもって,イブプロフェンはS異性体がR異性体よりもAβにより強い親和性でもって結合した。イブプロフェン溶液中Aβ単量体の立体配座集団はそれぞれターン/ヘリックス構造からなる二個の構造領域,19~25(R1)と29~35(R2)を示した。クラスタ化技法と自由エネルギー解析はAβ立体配座集団をAsp223-Lys28塩橋とR1とR2間の疎水性相互作用が主に決定することを示唆した。配位子なし水中Aβペプチドの対照シミュレーションはヘリックスとAsp23-Lys28塩橋形成を促進することによってイブプロフェン結合がAβ構造を変えることを示した。Aβアミロイド形成に対するこの知見の意味合いを考察した。

シソーラス用語： *アミロイドβタンパク質 ,  ペプチド ,  *神経系作用薬 ,  分子間相互作用 ,  Alzheimer病 ,  疎水性 ,  *疎水性相互作用 ,  アミノ酸残基 ,  *結合部位 ,  e-e相互作用 ,  静電相互作用 ,  化学結合 ,  因果律 ,  立体配座 ,  二次構造 ,  ヘリックス構造 ,  クラスタ化 ,  自由エネルギー ,  計算機シミュレーション ,  分子動力学 ,  水モデル ,  原子モデル ,  レプリカ法 ,  ランダムコイル構造 ,  単量体 ,  構造異性体 ,  カルボン酸 ,  芳香族化合物
準シソーラス用語： Aβペプチド ,  βターン構造 ,  アミロイド形成 ,  エネルギー解析 ,  レプリカ交換 ,  因果関係 ,  塩橋 ,  競争結合 ,  全原子モデル ,  電子-電子相互作用 ,  分子動力学シミュレーション ,  位置異性体

分類 (2件)： 薬物の物理化学的性質  (GV01060M) ,  神経の基礎医学  (GN01020W)

物質索引 (1件)： イブプロフェン

タイトルに関連する用語 (6件)： イブプロフェン ,  配位子 ,  相互作用 ,  Aβペプチド ,  溶媒 ,  分子動力学シミュレーション