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J-GLOBAL ID：201202244565848864   整理番号：12A0726636

Cel6Aの炭化水素結合モジュールとセルロースIa結晶の複合モデルを用いた分子シミュレーション研究

Molecular simulation study with complex models of the carbohydrate binding module of Cel6A and the cellulose Iα crystal

著者 (3件)： SHIIBA Hirohide (Univ. of Miyazaki, Dep. of Applied Chemistry, Fac. of Engineering, Nishi 1-1, Gakuen-kibanadai, 889-2192, Miyazaki, JPN) ,  HAYASHI Sachio (Univ. of Miyazaki, Dep. of Applied Chemistry, Fac. of Engineering, Nishi 1-1, Gakuen-kibanadai, 889-2192, Miyazaki, JPN) ,  YUI Toshifumi (Univ. of Miyazaki, Dep. of Applied Chemistry, Fac. of Engineering, Nishi 1-1, Gakuen-kibanadai, 889-2192, Miyazaki, JPN)
資料名： Cellulose  (Cellulose)
巻： 19  号： 3  ページ： 635-645  発行年： 2012年06月 
JST資料番号： W1128A  ISSN： 0969-0239  CODEN： CELLE8  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 糸状真菌,Trichoderma reeseiによって産出されるセロビオヒドロラーゼCel6Aの炭水化物結合モジュール(CBM)に対して,セルロースIa結晶モデルの(110)結晶表面に関してコンピュータドッキング(CD)の検討を行った。錠型としてT.reeseiが産出するもう一つのCel7Aを用いて,相同性モデル化法によってCBMの3次元構造を構築し,溶液状態の分子動力学的計算によって精密化した。試験した3つのモデルの中で,CD解析のために3つのジスルフィド結合を有するモデルを選択した。結合自由エネルギーマップ(BFEM)によって非共有結合相互作用およびCBM位置に関した溶媒和自由エネルギーの変化を表した。これらはセルロースファイバー軸に対してCBMの平行および逆平行の両方の配向様式に対して単位セル内の2つの最小位置を示した。BFEMの最小位置から誘導した4つの複合モデルに対して,明示的溶媒系下での分子動力学的計算を行った。平行配向したCBMを有する複合モデルは最低結合エネルギーを有していた。Copyright 2012 Springer Science+Business Media B.V. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： シミュレーション ,  *分子動力学 ,  解析 ,  *Trichoderma reesei ,  真菌類 ,  *セロビオヒドロラーゼ ,  モデル化合物 ,  *セルロース ,  結晶形態 ,  自由エネルギー ,  景観 ,  エネルギー準位 ,  溶媒和 ,  分子配向 ,  酵素的分解 ,  計算機シミュレーション
準シソーラス用語： Cel6A ,  Cel7A ,  エネルギーマップ ,  コンピューター支援解析 ,  結合自由エネルギー ,  結晶セルロース ,  分子シミュレーション ,  ドッキングシミュレーション

分類 (3件)： 計算機シミュレーション  (JE11000H) ,  酵素一般  (EB09010D) ,  木材化学  (FF05040V)

タイトルに関連する用語 (8件)： 炭化水素 ,  モジュール ,  セルロース ,  IA ,  結晶 ,  複合モデル ,  分子シミュレーション ,  研究