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J-GLOBAL ID：201202247099995982   整理番号：12A0549898

5個のトリペプチドの包括的立体配座研究とペプチド構造の効率的決定のための演繹的方法

Comprehensive Conformational Studies of Five Tripeptides and a Deduced Method for Efficient Determinations of Peptide Structures

著者 (7件)： YU Wenbo (Univ. Sci. and Technol. of China, Anhui, CHN) ,  YU Wenbo (Univ. Maryland, Maryland, USA) ,  WU Zhiqing (Univ. Sci. and Technol. of China, Anhui, CHN) ,  CHEN Huibin (Univ. Sci. and Technol. of China, Anhui, CHN) ,  LIU Xu (Univ. Sci. and Technol. of China, Anhui, CHN) ,  MACKERELL Alexander D., Jr. (Univ. Maryland, Maryland, USA) ,  LIN Zijing (Univ. Sci. and Technol. of China, Anhui, CHN)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 7  ページ： 2269-2283  発行年： 2012年02月23日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 半経験的計算法とab initio組合せ計算法を用いる結合回転自由度のすべての可能性組合せを考慮することによって5個のトリペプチド配座異性体のポテンシャルエネルギー面に関する完全研究を行った。5個のトリペプチドはGGG,GYG,GWG,TGG及びMGG(G=グリシン,Y=チロシン,W=トリプトファン,T=トレオニン及びM=メチオニン)である。得た安定トリペプチド配座異性体の構造特性を完全に解析した。5個のトリペプチドの配座異性体はそれらの構成ジペプチドとアミノ酸と密接に連結していることを見いだした。しかるに,親のアミノ酸とジペプチドの適切な重ねあわせによって発生した少数の試行構造を最適化することによってすべての重要なトリペプチド配座異性体を見いだす方法を提案した。以前調べた他の5種類のトリペプチド,YGG,FGG,WGG,GFA及びGGF(A=アラニン,F=フェニルアラン)に方法を適用し,トリペプチド配座異性体の最も完全な集団を提供することによって新しいアプローチが共に効率的で信頼性があることを示した。更に,遺伝的アルゴリズム法で育種と突然変異の概念を導入することによって一層大きなペプチドへの適用のため更に一般化した。一層大きなペプチドにおいて極めて一般的である鎖,へリックス及びターンの二次構造を有するテトラペプチド配座異性体を見いだすことができる一般化方法を立証した。このことは提案した方法が一層大きなペプチド構造の効率的決定のため適用できるのに有望であること示した。

シソーラス用語： *トリペプチド ,  *立体異性体 ,  *構造特性 ,  アミノ酸配列 ,  重合せ ,  構造最適化 ,  育種 ,  突然変異 ,  遺伝的アルゴリズム ,  ヘリックス構造 ,  立体配座 ,  自由度 ,  構造解析 ,  ab initio法 ,  半経験的方法 ,  汎化 ,  類似性 ,  アミノ酸残基 ,  ポテンシャルエネルギー面
準シソーラス用語： βターン構造 ,  テトラペプチド ,  回転自由度 ,  配座異性体 ,  一般化

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

物質索引 (10件)： Gly-Gly-Gly-OH ,  Gly-Gly-Phe-OH ,  Phe-Gly-Gly-OH ,  Trp-Gly-Gly-OH ,  Tyr-Gly-Gly-OH ,  Gly-L-Tyr-Gly-OH ,  Gly-L-Trp-Gly-OH ,  L-Thr-Gly-Gly-OH ,  L-Met-Gly-Gly-OH ,  Gly-L-Phe-L-Ala-OH

タイトルに関連する用語 (5件)： トリペプチド ,  立体配座 ,  研究 ,  ペプチド構造 ,  演繹