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J-GLOBAL ID：201202247454557193   整理番号：12A1718751

Chlamydomonas reinhardtiiのmRNAポリ(A)部位のin silico予測

In silico prediction of mRNA poly(A) sites in Chlamydomonas reinhardtii

著者 (3件)： WU Xiaohui (Xiamen Univ., Dep. of Automation, Haiyun Keyan Building 2, Room 210, 361000, Xiamen, CHN) ,  JI Guoli (Xiamen Univ., Dep. of Automation, Haiyun Keyan Building 2, Room 210, 361000, Xiamen, CHN) ,  ZENG Yong (Xiamen Univ., Dep. of Automation, Haiyun Keyan Building 2, Room 210, 361000, Xiamen, CHN)
資料名： Molecular Genetics and Genomics  (Molecular Genetics and Genomics)
巻： 287  号： 11-12  ページ： 895-907  発行年： 2012年12月 
JST資料番号： C0025C  ISSN： 1617-4615  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： ドイツ (DEU)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ポリアデニル化[ポリ(A)]部位を正確に予測することは,遺伝子の末端を定義し,遺伝子制御機構を理解する上で重要である。オルタナティブポリアデニル化(APA)はトランスクリプトーム多様性と遺伝子発現制御で重要な役割を果たすことが証明されている。再生エネルギー産生に使うことができる緑藻類Chlamydomonas reinhardtiiのポリ(A)とAPA部位を正確に予測するため,著者らは複合分類器でこれらの部位の特徴を示す5つの方法を統合した新しいモデルを提示した。著者らはポリ(A)部位を4つのグループに分類するため,パターン組立てに基ずく新しい分類法を示した。著者らは,特徴空間を作るために,推定RNA二次構造,語出現頻度-全コレクションにおけるある用語の頻度の逆関数の重み,一次Markov鎖,5量体比,位置重み行列を含む5つの方法を用いた。それから著者らは,各グループのポリ(A)部位を予測するために重み付け多重分類器による組合せ分類器を形成するための発見的方法を開発した。このモデルの高い特異性と感受性は,4つのグループのポリ(A)部位とイントロンAPA部位をテストすることによって証明された。平均予測性能は,以前の予測モデルの性能よりもほぼ8%高かった。保存パターンのないグループでは,予測精度は以前の方法の精度よりも9%高かった。しかしながら,このグループの予測効率はまだ他のグループのものよりも有意に低かったことから,ポリ(A)部位予測のためにさらなるシグナルパターンを同定することの重要性が示された。著者らはまたイントロンのオルタナティブポリ(A)部位を良い精度で予測した。この予測モデルは新しい分類器あるいは新しい特徴に容易に拡大できるようにデザインされた。従ってこのモデルは新しいデータあるいは他の種に適用できる。著者らのモデルは,成熟転写物の末端を予測できるのでゲノム注釈に,そして研究者が好ましくないポリ(A)部位を除去できるので遺伝子工学に共に有用である。Copyright 2012 Springer-Verlag Berlin Heidelberg Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： Chlamydomonas reinhardtii ,  *mRNA ,  *ポリアデニル化 ,  解析 ,  計算機利用 ,  ヌクレオチド配列 ,  イントロン ,  予測モデル ,  指標 ,  二次構造 ,  Markov連鎖 ,  多量体 ,  遺伝学実験技術 ,  確率 ,  コンピュータ ,  分類装置
準シソーラス用語： in silico解析 ,  tf・idf ,  UTR ,  オルタナティブポリアデニル化 ,  *ポリアデニル化部位 ,  位置特異的重み行列 ,  五量体 ,  多重分類器 ,  分類機 ,  3′非翻訳領域

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (3件)： Chlamydomonas ,  mRNA ,  予測