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J-GLOBAL ID：201202247683186450   整理番号：12A1744512

全ゲノムショットガン塩基配列解読法を用いたパンコムギゲノムの解析

Analysis of the bread wheat genome using whole-genome shotgun sequencing

著者 (29件)： BRENCHLEY Rachel (Univ. Liverpool, Liverpool, GBR) ,  D’AMORE Rosalinda (Univ. Liverpool, Liverpool, GBR) ,  KAY Suzanne (Univ. Liverpool, Liverpool, GBR) ,  HALL Anthony (Univ. Liverpool, Liverpool, GBR) ,  HALL Neil (Univ. Liverpool, Liverpool, GBR) ,  SPANNAGL Manuel (Helmholtz-Zentrum Muenchen, Neuherberg, DEU) ,  PFEIFER Matthias (Helmholtz-Zentrum Muenchen, Neuherberg, DEU) ,  MAYER Klaus F. X. (Helmholtz-Zentrum Muenchen, Neuherberg, DEU) ,  BARKER Gary L. A. (Univ. Bristol, Bristol, GBR) ,  ALLEN Alexandra M. (Univ. Bristol, Bristol, GBR) ,  EDWARDS Keith J. (Univ. Bristol, Bristol, GBR) ,  MCKENZIE Neil (John Innes Centre, Norwich, GBR) ,  WAITE Darren (John Innes Centre, Norwich, GBR) ,  TRICK Martin (John Innes Centre, Norwich, GBR) ,  BANCROFT Ian (John Innes Centre, Norwich, GBR) ,  BEVAN Michael W. (John Innes Centre, Norwich, GBR) ,  KRAMER Melissa (Cold Spring Harbor Lab., New York, USA) ,  MCCOMBIE W. Richard (Cold Spring Harbor Lab., New York, USA) ,  KERHORNOU Arnaud (European Bioinformatics Inst., Hinxton, GBR) ,  BOLSER Dan (European Bioinformatics Inst., Hinxton, GBR) ,  KERSEY Paul (European Bioinformatics Inst., Hinxton, GBR) ,  GU Yong (Western Regional Lab., USDA, California, USA) ,  HUO Naxin (Western Regional Lab., USDA, California, USA) ,  ANDERSON Olin (Western Regional Lab., USDA, California, USA) ,  LUO Ming-Cheng (Univ. California, Davis, California, USA) ,  DVORAK Jan (Univ. California, Davis, California, USA) ,  SEHGAL Sunish (Kansas State Univ., Kansas, USA) ,  GILL Bikram (Kansas State Univ., Kansas, USA) ,  KIANIAN Sharyar (North Dakota State Univ., North Dakota, USA)
資料名： Nature (London)  (Nature (London))
巻： 491  号： 7426  ページ： 705-710  発行年： 2012年11月29日 
JST資料番号： D0193B  ISSN： 0028-0836  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： パンコムギ(Triticum aestivum)は,世界的に重要な作物であり,人類が消費するカロリーの20%を占める。遺伝的多様性を増大させたり,重要な形質を解析したりすることでコムギの生産量を増加させようとする努力が世界中でなされており,ゲノムについての情報資源はそうした進歩を加速させることができる。しかし,パンコムギのゲノムは非常に大型であり,倍数体で複雑であることが,これまで解析の大きな障壁となっていた。今回我々は,454パイロシークエンス法を使用して,この巨大な17ギガ塩基対の六倍体ゲノムの塩基配列解読を行い,得られた配列を,二倍体の祖先種および原種のゲノム配列と比較したことを報告する。94,000~96,000個の遺伝子が同定され,その3分の2を六倍体コムギの3種類のゲノム成分(A,BおよびD)に対応させた。高解像度のシンテニー地図から,保存された遺伝子順序に小規模の乱れが多数見つかった。さらに,パンコムギの六倍体ゲノムは非常に動的であり,倍数化および栽培化の過程で遺伝子ファミリーメンバーの大きな喪失が起こっており,遺伝子断片が大量に存在することが明らかになった。エネルギー獲得,代謝および成長に関与するいくつかのクラスの遺伝子は,作物の生産性に関連すると考えられている拡大した遺伝子ファミリーに含まれている。今回の解析結果は,大規模な遺伝的多様性の同定と相まって,遺伝子の発見を加速し,この主要な作物を改良させるための情報源となる。Copyright Nature Publishing Group 2012

シソーラス用語： *ゲノム ,  ヌクレオチド配列 ,  *コムギ ,  遺伝子地図 ,  栽培 ,  六倍体 ,  生物多様性
準シソーラス用語： *Triticum aestivum ,  パンコムギ ,  遺伝的多様性

分類 (2件)： 麦  (FC03033M) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： ゲノム ,  ショットガン ,  塩基配列 ,  解読 ,  解析