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J-GLOBAL ID：201202248037427194   整理番号：12A1174301

リボソームL1茎三方向結合部の構造および機械的性質

Structure and mechanical properties of the ribosomal L1 stalk three-way junction

著者 (5件)： REBLOVA Kamila (Inst. Biophysics, Acad. Sci. Czech Republic, Brno) ,  REBLOVA Kamila (Masaryk Univ., Brno) ,  SPONER Jiri (Inst. Biophysics, Acad. Sci. Czech Republic, Brno) ,  SPONER Jiri (Masaryk Univ., Brno) ,  LANKAS Filip (Inst. Organic Chemistry and Biochemistry, Acad. Sci. Czech Republic, Praha, CZE)
資料名： Nucleic Acids Research  (Nucleic Acids Research)
巻： 40  号： 13  ページ： 6290-6303  発行年： 2012年07月27日 
JST資料番号： D0242C  ISSN： 0305-1048  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 4つの異なる原核生物からのL1茎を基に,rRNA H76/H75/H79三方向結合部の構造および機械的性質を調べた。粗雑な弾性モデルを提案し,大規模な原子的な分子動力学シミュレーションを用いてパラメータ化した。この結合部の大域的性質は,H76ヘリックスがまっすぐな等方的に柔軟な弾性ロッドにより代表されるが結合部コアは等方的に柔軟な球形ヒンジにより代表されるモデルにより十分記述された。コアおよびヘリックスの両者は,H76の曲げの変動に寄与していた。H76のゆらぎ塩基対形成の存在は柔軟性の増加またはヘリックスへの異方性を誘導しなかった。L1茎の半分閉められた配座は,長期のアロステリック効果なしに結合部自身の熱変動によりアクセス可能なようであった。

シソーラス用語： *リボソーム ,  *細胞接着分子 ,  *結合部位 ,  *構造特性 ,  *機械的性質 ,  原核生物 ,  rRNA ,  モデル ,  弾性 ,  計算機シミュレーション ,  分子動力学 ,  パラメタリゼーション ,  ヘリックス構造 ,  棒 ,  球状 ,  ヒンジ ,  塩基対 ,  柔軟性 ,  異方性 ,  立体配座 ,  アロステリック効果
準シソーラス用語： *L1【蛋白質】 ,  パラメータ化 ,  ロッド ,  塩基対形成 ,  球形 ,  *構造的性質 ,  弾性モデル ,  配座 ,  分子動力学シミュレーション

分類 (6件)： 細胞構成体一般  (EF03010Z) ,  蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  レオロジー一般  (BL01011R) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  オペレーションズリサーチ一般  (KA03010Q) ,  計算機シミュレーション  (JE11000H)

タイトルに関連する用語 (4件)： リボソーム ,  L1 ,  茎 ,  機械的性質