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J-GLOBAL ID：201202249293845617   整理番号：12A1515517

パルス二重電子電子共鳴(DEER)分光法の対称性拘束解析はKcsA活性化ゲートの動力学的性質を明らかにする

Symmetry-Constrained Analysis of Pulsed Double Electron-Electron Resonance (DEER) Spectroscopy Reveals the Dynamic Nature of the KcsA Activation Gate

著者 (4件)： DALMAS Olivier (Univ. Chicago, Illinois, USA) ,  HYDE H. Clark (Univ. Chicago, Illinois, USA) ,  HULSE Raymond E. (Univ. Chicago, Illinois, USA) ,  PEROZO Eduardo (Univ. Chicago, Illinois, USA)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 134  号： 39  ページ： 16360-16369  発行年： 2012年10月03日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： パルス電子-電子二重共鳴(DEER)法は蛋白質における長距離測定(20~80Å)に対して非並行ツールであって,小サイズのスピン標識は蛋白質標的部位へアクセス可能性を改良し,極めて短いリンカはプローブの拡散領域を制限することによってプローブ位置を顕著に改善して同じプローブがすべての標的部位を標識付けするため使用できる。しかし,DEER実験によって得たエコー強度変調から距離測定は数学的に不適切姿勢を有した問題である。Tikhonov正則化は特に多重離散距離分布を有する系で解釈することが困難である距離分布を生じる。ここでは,対称性ホモオリゴマ蛋白質系における幾何学あてはめ拘束を用いることによってRice分布の和に基づくモデルベースのあてはめ解の精度を増すことができた。このアプローチは公知のオリゴマ状態,KcsA(四量体)とCorA(五量体)に関する二種類の異なるイオンチャンネルについて検証した。生じたあてはめの統計的解析は実験者が対称性拘束対標準モデル分布あてはめの意味合いを評価し,多重距離信頼性領域を調べることを支援するため著者らの方法内で集約される。C末端ドメイン(CTD)のK⁺チャンネルKcsAの活性化ゲートの柔軟性と立体配座に及ぼす役割を定量的評価するためこのアプローチを使用した。この解析は開放したときの内部束ゲートの動力学における著しい増加を示した。また,CTDが残りと活性化ゲート化間で一層低いゲート運動を拘束する程度を実証した。

シソーラス用語： *カリウムチャンネル ,  *膜貫通タンパク質 ,  *多量体 ,  オリゴマ ,  *動特性 ,  正則化 ,  距離測定 ,  近似法 ,  確率分布 ,  統計解析 ,  対称性 ,  曲線あてはめ ,  信頼性 ,  アミノ酸配列 ,  柔軟性 ,  立体配座 ,  ESR【磁気共鳴】 ,  二重共鳴 ,  長範囲規則度 ,  スピンエコー
準シソーラス用語： C末端ドメイン ,  KcsA ,  Rice分布 ,  Tikhonov正則化 ,  あてはめ【近似法】 ,  モデルあてはめ ,  距離分布 ,  五量体 ,  長距離規則度 ,  電子電子二重共鳴 ,  統計的解析 ,  動力学的性質 ,  立体配座柔軟性

分類 (3件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  細胞生理一般  (EF02010S) ,  有機化合物のEPR  (BM07024U)

タイトルに関連する用語 (12件)： パルス ,  電子 ,  共鳴 ,  DEER ,  分光法 ,  対称性 ,  拘束 ,  解析 ,  KcsA ,  活性化 ,  ゲート ,  動力学的性質