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J-GLOBAL ID：201202249873423949   整理番号：12A0770611

Src/CDK状キナーゼドメインの立体配座転移におけるスイッチとしてのαCヘリックス

αC Helix as a Switch in the Conformational Transition of Src/CDK-like Kinase Domains

著者 (5件)： HUANG He (Purdue Univ., Indiana, USA) ,  ZHAO Ruijun (Purdue Univ., Indiana, USA) ,  DICKSON Bradley M. (Purdue Univ., Indiana, USA) ,  SKEEL Robert D. (Purdue Univ., Indiana, USA) ,  POST Carol Beth (Purdue Univ., Indiana, USA)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 15  ページ： 4465-4475  発行年： 2012年04月19日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質キナーゼの細胞経路の触媒活性を調節する一機構は立体配座転移を通して行なわれる。正規の細胞機能性を維持するため,酵素活性度は緊密な調節を受ける。転移に係わる構造変化における大きな多様性にも拘らず,SrcとCDK2キナーゼドメイン(KD)を含む立体配座転移について保存キナーゼドメインの一セットの変化が観測される。分子系を二種類の方法で特性化した。最初に,系の自由エネルギー景観を調べるため増強分子動力学サンプリングを使用した。次に,二種類の参照状態に関係する経路に沿った「往来」を最大にすることによって転移過程に対する最適経路を位置決めするため最近開発した最大フラックス転移経路法を使用した。転移にエネルギー学的に重要であるトポロジー特性を同定するためこの立体配座転移を計算研究した。分子動力学サンプリングと転移経路最適化両者からの結果は主要なエネルギー障壁としてαCヘリックスの変位を明らかにし,活性状態と下方調節状態間のKDのスイッチを仲介した。細胞中で起こることが知られている幾つかの活性化と不活性化機構に理論的根拠を提供することによってαCヘリックスの臨界的役割は顕著である。αCヘリックス変位を有するキナーゼが動源体を通して存在することを見いだし,この特徴が進化において初期に出現することを示唆した。

シソーラス用語： *Srcタンパク質 ,  *サイクリン依存性キナーゼ ,  *配座転移 ,  *ヘリックス構造 ,  触媒活性 ,  位相幾何学 ,  標本抽出 ,  分子動力学 ,  遷移状態 ,  酵素活性化 ,  酵素阻害 ,  自由エネルギー ,  最適化 ,  結合部位 ,  酵素活性度 ,  ループ構造 ,  構造パラメータ
準シソーラス用語： cdk ,  SH2ドメイン ,  SH3ドメイン ,  Srcキナーゼ ,  αヘリックス ,  エネルギー障壁 ,  サンプリング【統計】 ,  トポロジー ,  経路最適化 ,  構造変化 ,  酵素不活性化 ,  立体配座転移

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (6件)： SRC ,  cdk ,  キナーゼ ,  ドメイン ,  立体配座転移 ,  ヘリックス