抄録/ポイント:
抄録/ポイント
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計算化学の発達によって蛋白質-リガンド結合において重要な役割を持つ水の状態を推定することが可能になり,これが新薬開発に役立つと期待されている。2007年に開催されたシンポジウムでこの問題を解くためにSchroedinger社が開発した解析ソフトウェアWaterMapが討議され,インターロイキン阻害剤の開発に役立つことが報告された。同社は6万種の可能性のある化合物から300種の候補化合物に絞り込むことができた。しかしWaterMapについては高価で長時間を要するという評価もある。2011年にCCG社は溶媒和理論に基づいた新規ソフトウェア
3D-RISMを開発した。これは蛋白質ポケット内の水の密度を予測するもので,WaterMapに比べて計算時間が短い。さらにOpenEye社がSZMAPを開発した。これら3種のソフトウェアに共通する点として蛋白質を剛体として取扱っている点に問題があり,ソフトな蛋白質を対象とするソフトウェアが開発されれば大きく進歩すると期待される。