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J-GLOBAL ID：201202251028303475   整理番号：12A0239655

多毛類Perinereis nuntia ESTと分子生態毒性学研究のための潜在的なバイオマーカー遺伝子を見出すためのその利用

The polychaete, Perinereis nuntia ESTs and its use to uncover potential biomarker genes for molecular ecotoxicological studies

著者 (11件)： RHEE Jae-sung (Dep. of Molecular and Environmental Bioscience, Graduate School, Hanyang Univ., Seoul 133-791, KOR) ,  WON Eun-ji (Dep. of Environmental Marine Sciences, Coll. of Sci. and Technol., Hanyang Univ., Ansan 426-791, KOR) ,  KIM Ryeo-ok (Dep. of Chemistry, and Res. Inst. for Natural Sciences, Coll. of Natural Sciences, Hanyang Univ., Seoul 133-791, KOR) ,  CHOI Beom-soon (Dep. of Chemistry, and Res. Inst. for Natural Sciences, Coll. of Natural Sciences, Hanyang Univ., Seoul 133-791, KOR) ,  CHOI Beom-soon (National Instrumentation Center for Environmental Management, Coll. of Agriculture and Life Sciences, Seoul National ...) ,  CHOI Ik-young (National Instrumentation Center for Environmental Management, Coll. of Agriculture and Life Sciences, Seoul National ...) ,  PARK Gyung Soo (Dep. of Marine Biotechnology, Coll. of Liberal Arts and Sciences, Anyang Univ., Ganghwa 417-833, KOR) ,  SHIN Kyung-hoon (Dep. of Environmental Marine Sciences, Coll. of Sci. and Technol., Hanyang Univ., Ansan 426-791, KOR) ,  LEE Young-mi (Dep. of Green Life Sci., Coll. of Convergence, Sangmyung Univ., Seoul 110-743, KOR) ,  LEE Jae-seong (Dep. of Molecular and Environmental Bioscience, Graduate School, Hanyang Univ., Seoul 133-791, KOR) ,  LEE Jae-seong (Dep. of Chemistry, and Res. Inst. for Natural Sciences, Coll. of Natural Sciences, Hanyang Univ., Seoul 133-791, KOR)
資料名： Environmental Research  (Environmental Research)
巻： 112  ページ： 48-57  発行年： 2012年01月 
JST資料番号： D0574A  ISSN： 0013-9351  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 多毛類Perinereis nuntiaは沿岸海洋環境の底生生物の環境条件を評価するための指標種として使用されてきた。最近,高速シーケンシング技術は非モデル種の発現配列タグ(EST)を解析するための有用な方法であることが証明された。したがって,堆積物の質のモニタリング研究のための試験生物として多毛類を用いるために,パイロシークエンス法によって広範なcDNA情報を取得した。P. nuntiaの全RNAからcDNAを逆合成し,GS-FLXシーケンサを用いてランダムなシーケンシングを行った。アセンブリーステージ1において,40,379個の転写産物(13,666個のコンティグと26,713個のシングルトン)を取得し,BLASTXを用いたGenBankノンレダンダント(NR)アミノ酸配列データベースと比較して47%のヒットレートを示した。ステージ2アセンブリー後,21,657個の転写産物が同定され,28%のヒットレートを示した。最後に,BLASTXを用いたGenBank NRアミノ酸配列データベースに対応した6,064個のユニジーンを得た。この種で得られた転写産物のうち,分子レベルにおける堆積物モニタリングに利用可能な多数のストレス及び細胞防御関連遺伝子(例えば熱ショックタンパク質ファミリー,抗酸化物関連遺伝子,チトクロームP450遺伝子)を見出し,潜在的なバイオマーカー遺伝子の遺伝子ファミリーを同時に同定する効果的な手法であることが示され,これによってトランスクリプトームの研究が可能になる。これらの潜在的なバイオマーカー遺伝子の有用性を確認するために,多毛類養殖場及び韓国の南部沿岸域から収集された試料間のP. nuntiaのmRNA転写産物の比較プロファイリングを解析した。この論文では,P. nuntiaの発現cDNA情報を要約し,海洋堆積物中の指標種P. nuntiaへの環境ストレスと化学毒性の潜在的な分子機構を見出すための環境ゲノミックスと生態毒性学研究における利用可能性を考察した。Copyright 2012 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 生物指標 ,  *バイオマーカー ,  *多毛類 ,  毒性 ,  毒性試験 ,  沿岸帯 ,  海洋環境 ,  底生生物 ,  *ヌクレオチド配列 ,  遺伝学実験技術 ,  RNA【核酸】 ,  アミノ酸配列 ,  解析 ,  特徴抽出 ,  海底堆積物 ,  熱ショックタンパク質 ,  性質 ,  チトクロームP450
準シソーラス用語： Perinereis nuntia ,  トランスクリプトーム解析 ,  ピロシークエンス法 ,  プロファイリング ,  環境ゲノミックス ,  抗酸化特性 ,  生態毒性 ,  転写産物 ,  発現配列タグ

分類 (5件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  遺伝子発現  (EC02040Q) ,  生態系  (EE01040P) ,  海洋汚濁  (SB02040B) ,  動物学研究法  (EJ01020I)

タイトルに関連する用語 (6件)： 多毛類 ,  EST ,  分子 ,  生態毒性学 ,  研究 ,  マーカー遺伝子