文献

J-GLOBAL ID：201202252176757112   整理番号：12A1466744

関連解析:全ゲノム関連解析のための,迅速分散成分に基づく方法

Rapid variance components-based method for whole-genome association analysis

著者 (5件)： SVISHCHEVA Gulnara R (Inst. of Cytology and Genetics, Siberian Div. of the Russian Acad. of Sci., Novosibirsk, RUS) ,  AXENOVICH Tatiana I (Inst. of Cytology and Genetics, Siberian Div. of the Russian Acad. of Sci., Novosibirsk, RUS) ,  BELONOGOVA Nadezhda M (Inst. of Cytology and Genetics, Siberian Div. of the Russian Acad. of Sci., Novosibirsk, RUS) ,  AULCHENKO Yurii S (Inst. of Cytology and Genetics, Siberian Div. of the Russian Acad. of Sci., Novosibirsk, RUS) ,  VAN DUIJN Cornelia M (Erasmus Medical Center, Rotterdam, NLD)
資料名： Nature Genetics  (Nature Genetics)
巻： 44  号： 10  ページ： 1166-1170  発行年： 2012年10月 
JST資料番号： W0430A  ISSN： 1061-4036  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 大きなサンプルサイズを含むゲノムワイド関連解析(GWAS)に使われる,分散成分テストは,遺伝的マーカーが数十万を超えるとコンピューターに負荷がかかる。本報告では,非常に速い,分散成分に基づく2段階法であるGRAMMAR-Gammaを紹介する。この方法はスコアテストアプローチの枠組みの中の解析近似として開発された。ヒトGWASの疑似データと真のデータセットを用いて,この方法がSNP効果の不偏推定を可能とし,尤度比テストを用いた方法と非常に近い検定力をもつことを示す。我々の方法の計算複雑性は,理論的な最小値に近く,言い換えれば遺伝的構造を無視した解析の複雑度に近い。我々の方法の実行時間は,他の既存の方法がサンプルサイズに対して2次関数的に増えていくのに対し,サンプルサイズに線型的に比例する。シミュレーションの結果から,GRAMMAR-Gammaが,大きなヒトコホートの全ゲノムリシーケンシング(塩基配列再決定)研究の関連解析において使用しうることが示唆された。Copyright Nature Publishing Group 2012

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  *分散分析 ,  ヒト ,  ヌクレオチド配列 ,  一塩基多型 ,  仮説検定 ,  母集団 ,  *ゲノムワイド関連解析
準シソーラス用語： SNP ,  コホート ,  統計検定 ,  *分散成分

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (3件)： 関連解析 ,  全ゲノム関連解析 ,  分散成分