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J-GLOBAL ID：201202254252523501   整理番号：12A0967528

NNAlignを用いた11の共通ヒトHLA-DPおよびHLA-DQ分子の結合モチーフの特性化

Characterizing the binding motifs of 11 common human HLA-DP and HLA-DQ molecules using NNAlign

著者 (2件)： ANDREATTA Massimo (Technical Univ. Denmark, Lyngby, DNK) ,  NIELSEN Morten (Technical Univ. Denmark, Lyngby, DNK)
資料名： Immunology  (Immunology)
巻： 136  号： 3  ページ： 306-311  発行年： 2012年07月 
JST資料番号： H0768A  ISSN： 0019-2805  CODEN： IMMUAM  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： HLA-DPおよびHLA-DQ分子の特異性に関する研究は,HLA-DR分子と比較して乏しい。結合モチーフの記述の大部分は事例に基づくもので,結合コア内の各位置の重要性の定量的基準や,与えられた位置におけるアミノ酸間の相対的重みに関する情報を提供しない。近年,DPおよびDQ分子に対するペプチド結合の大規模データが蓄積され,当該分子の結合モチーフの正確な定義に生物情報科学的方法を適用することが可能となった。本研究で,ニューラルネットワークに基づくNNAlign法を用いて,ヒト集団で頻発する5つのHLA-DPおよび6つのHLA-DQの特異性を特性化した。同定された結合モチーフは先行研究と大体一致したが,僅かな差異が見られた。DP分子はコア位置においてアミノ酸の嗜好性パターンが大きく重複し,P1およびP6において疎水性/芳香族アンカーが保存され,ある変異体ではP9に追加的疎水性コアが見られた。これに対してDQ分子の結合モチーフはより分岐し,アンカー位置は非典型的で,一部では寧ろ非特異的なアミノ酸嗜好性が観察された。

シソーラス用語： *HLA-DQ ,  ヒト ,  結合部位 ,  アミノ酸配列 ,  ペプチド ,  ニューラルネットワーク ,  情報科学 ,  生物学
準シソーラス用語： *HLA-DP ,  生物情報科学 ,  特異性

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： ヒト ,  HLA-DP ,  HLA-DQ ,  分子 ,  モチーフ ,  特性化