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J-GLOBAL ID：201202255939464366   整理番号：12A0170791

広範囲のプロモーター中心のクロマチン相互作用は転写制御の形態的基盤を与える

Extensive Promoter-Centered Chromatin Interactions Provide a Topological Basis for Transcription Regulation

著者 (39件)： LI Guoliang (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  RUAN Xiaoan (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  AUERBACH Raymond K. (Program in Computational Biology and Departments of Molecular, Cellular and Developmental Biology, Yale Univ., New ...) ,  SANDHU Kuljeet Singh (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  ZHENG Meizhen (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  WANG Ping (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  POH Huay Mei (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  GOH Yufen (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  LIM Joanne (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  ZHANG Jingyao (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  SIM Hui Shan (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  PEH Su Qin (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  MULAWADI Fabianus Hendriyan (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  ONG Chin Thing (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  ORLOV Yuriy L. (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  HONG Shuzhen (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  ZHANG Zhizhuo (Dep. of Computer Sci., School of Computing, National Univ. of Singapore, Singapore 117417, SGP) ,  LANDT Steve (Center for Genomics and Personalized Medicine, Dep. of Genetics, Stanford Univ., Stanford, CA 94305, USA) ,  RAHA Debasish (Center for Genomics and Personalized Medicine, Dep. of Genetics, Stanford Univ., Stanford, CA 94305, USA) ,  EUSKIRCHEN Ghia (Center for Genomics and Personalized Medicine, Dep. of Genetics, Stanford Univ., Stanford, CA 94305, USA) ,  WEI Chia-lin (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  GE Weihong (Dep. of Molecular and Medical Pharmacology, UCLA, Los Angeles, CA 90095, USA) ,  WANG Huaien (Cold Spring Harbor Lab., Cold Spring Harbor, NY 11797, USA) ,  DAVIS Carrie (Cold Spring Harbor Lab., Cold Spring Harbor, NY 11797, USA) ,  FISHER-AYLOR Katherine I. (Div. of Biology, California Inst. of Technol., Pasadena, CA 91125, USA) ,  MORTAZAVI Ali (Div. of Biology, California Inst. of Technol., Pasadena, CA 91125, USA) ,  GERSTEIN Mark (Program in Computational Biology and Departments of Molecular, Cellular and Developmental Biology, Yale Univ., New ...) ,  GINGERAS Thomas (Cold Spring Harbor Lab., Cold Spring Harbor, NY 11797, USA) ,  WOLD Barbara (Div. of Biology, California Inst. of Technol., Pasadena, CA 91125, USA) ,  SUN Yi (Dep. of Molecular and Medical Pharmacology, UCLA, Los Angeles, CA 90095, USA) ,  FULLWOOD Melissa J. (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  CHEUNG Edwin (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  CHEUNG Edwin (School of Biological Sciences, Nanyang Technological Univ., Singapore 637551, SGP) ,  LIU Edison (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  SUNG Wing-kin (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  SUNG Wing-kin (Dep. of Computer Sci., School of Computing, National Univ. of Singapore, Singapore 117417, SGP) ,  SNYDER Michael (Center for Genomics and Personalized Medicine, Dep. of Genetics, Stanford Univ., Stanford, CA 94305, USA) ,  RUAN Yijun (Genome Inst. of Singapore, Singapore 138672, SGP) ,  RUAN Yijun (Coll. of Life Sciences and Technol., Huazhong Agricultural Univ., Wuhan 430070, P.R. China)
資料名： Cell (Cambridge, Mass.)  (Cell (Cambridge, Mass.))
巻： 148  号： 1-2  ページ： 84-98  発行年： 2012年01月20日 
JST資料番号： A0707B  ISSN： 0092-8674  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 真核生物における転写制御のための高次染色体構造についてはほとんど分かっていない。ペアエンドタグの配列を使った全ゲノムクロマチン相互作用解析(ChIA-PET)により,著者らはヒト細胞におけるRNAポリメラーゼIIと関連する広域クロマチン相互作用を位置付け,広範囲のプロモーター中心の遺伝子内,遺伝子外,遺伝子間の相互作用について解明した。これらの相互作用はさらに高次クラスターに凝集し,ここで近位遺伝子と遠位遺伝子がプロモーター同士の相互作用を通じて結合した。プロモーター同士の相互作用のある遺伝子の大半は活性で協同的に転写され,一部の相互作用プロモーターは互いに影響することができ,転写制御の組合せの複雑性が暗示された。様々な細胞株の比較解析により,細胞特異的クロマチン相互作用が,細胞特異的転写の構造的枠組となる可能性があることが分かり,細胞特異的機能に関するエンハンサーとプロモーターの相互作用の有意な増大が示唆された。さらに,遺伝学的に確認された疾患関連非翻訳成分が広域相互作用を通じて対応遺伝子と空間的に関わりあうことが分かった。全体的に,著者らの研究により,ヒト細胞におけるハウスキーピング遺伝子と細胞特異的遺伝子の両方について,三次元クロマチン相互作用による転写制御の手掛かりが得られる。Copyright 2012 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： 遺伝的調節 ,  *転写【遺伝】 ,  *クロマチン ,  プロモーター領域 ,  *分子間相互作用 ,  RNAポリメラーゼII ,  遺伝学実験技術 ,  遺伝子発現 ,  MCF7細胞 ,  相乗作用 ,  ヌクレオチド ,  K562細胞 ,  エンハンサー領域 ,  遺伝子
準シソーラス用語： 転写制御 ,  ChIA-PET ,  遺伝子間相互作用 ,  クロマチン構造 ,  転写開始点 ,  Shh遺伝子

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： プロモーター ,  クロマチン ,  相互作用 ,  転写制御 ,  形態 ,  基盤