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J-GLOBAL ID：201202256847759471   整理番号：12A1048028

ヒトCD2BP2-GYFドメインの非折畳みにおける埋込み水分子の熱力学的影響

Thermodynamic Impact of Embedded Water Molecules in the Unfolding of Human CD2BP2-GYF Domain

著者 (4件)： ANDUJAR-SANCHEZ Montserrat (Univ. Almeria, Almeria, ESP) ,  COBOS Eva S. (Univ. Granada, Granada, ESP) ,  LUQUE Irene (Univ. Granada, Granada, ESP) ,  MARTINEZ Jose C. (Univ. Granada, Granada, ESP)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 24  ページ： 7168-7175  発行年： 2012年06月21日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： GYFドメインは小βシートに対して充填した単一αヘリックスからなる構造配列を採用する小ポリプロリン認識モジュールである。多くの高濃度プロリン認識モジュールは機能,構造または立体配座柔軟性の面で大規模に特性化されているが,GYFドメインの機能性と折畳みについてほとんど知られていない。種々のpH条件のもとで示差走査熱量測定と円偏光二色性を組合せることによって非タグ付けヒトCD2BP2-GYF配列を符号化したpTFT74プラスミドの非折畳みにおける熱力学的特性化を行った。負状態の異常に高い熱容量がCD2BP2-GYFドメインの重要な立体配座柔軟性と動力学を反映しているが,実験データを二状態平衡の面で良く記述することができた。更に,非折畳みの正規化熱力学的パラメータ(エンタルピー,エントロピー及び熱容量)は予測したよりもファクターで2倍大きい。対照的に,安定性曲線はGibbsエネルギーの面でCD2BP2-GYFドメインの普通の非折畳み挙動を示し,しかるに異常に強いエンタルピー-エントロピー補償を招いた。「動的ホメオスタシス」として先に記述したこの現象は蛋白質構造に埋め込んだ水(溶媒)分子の寄与に対する種々の例に関連付けられる。CASTpサーバーによってCD2BP2-GYFドメイン構造の7種類の空洞/ポケット散乱全体を見いだし,各々が少なくとも一個の水分子を保護することができた。この構造様相はCD2BP2-GYFについて各水分子が天然状態にある水素結合の余分量を組織化できるので典型的エンタルピー測定値に対する合理化を提供した。更に,これらの結合水は蛋白質柔軟性の増加に係わり,実験的に観測したホメオスタシスを完全に説明する蛋白質の振動エントロピーを増した。

シソーラス用語： β構造 ,  ヘリックス構造 ,  *エキソン ,  *ポリプロリン ,  分子認識 ,  *立体配座 ,  柔軟性 ,  *折畳み構造 ,  pH依存性 ,  示差走査熱量測定 ,  円偏光二色スペクトル ,  エンタルピー ,  エントロピー ,  熱容量 ,  平衡状態 ,  安定性 ,  Gibbs自由エネルギー ,  *ホメオスタシス ,  分子構造 ,  水分子 ,  計算機システム ,  アミノ酸配列 ,  結合部位 ,  水素結合 ,  組織化 ,  *結合水 ,  温度依存性 ,  *プラスミド
準シソーラス用語： Gibbsエネルギー ,  αヘリックス ,  βシート構造 ,  サーバ【計算機】 ,  ドメイン構造 ,  円偏光二色性スペクトル ,  機能性 ,  構造機能相関 ,  構造配列 ,  蛋白質構造 ,  立体配座柔軟性

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： ヒト ,  ドメイン ,  非折畳み ,  埋込み ,  水分子 ,  熱力学