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J-GLOBAL ID：201202258409001356   整理番号：12A1510283

変化する環境に適応するゲノム転写ネットワークのコンピューターデザイン

Computational design of genomic transcriptional networks with adaptation to varying environments

著者 (5件)： CARRERA Javier (Univ. d’Evry Val d’Essonne, Evry, FRA) ,  CARRERA Javier (UPV, Valencia, ESP) ,  ELENA Santiago F. (UPV, Valencia, ESP) ,  ELENA Santiago F. (Santa Fe Inst., NM) ,  JARAMILLO Alfonso (Univ. d’Evry Val d’Essonne, Evry, FRA)
資料名： Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  (Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America)
巻： 109  号： 38  ページ： 15277-15282  発行年： 2012年09月18日 
JST資料番号： D0387A  ISSN： 0027-8424  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生体は環境変化に適応するため転写調節機構を進化させてきた。今回,大腸菌の大量の転写情報を用いることにより,そのトランスクリプトーム調節を決定するデザイン原理について報告した。トランスクリプトームとシグナル伝達データを組み合わせ,動的環境への適応性を維持する代替ゲノム転写調節ネットワーク(GTRN)を得る革新的コンピューター方法を開発した。この方法を大腸菌のGTRNに応用し,より簡単な転写調節構造に再接続し得ることを示した。この再接続GTRNは,環境変動に対して包括的な生理学的反応を維持した。これは73%より少ない調節オペロンを含んだ。類似した機能と環境変化における協調した発現パターンを示す遺伝子はより長い調節オペロンにクラスター化した。これらの合成GTRNは高い感受性を示し,環境変化により明確な反応を示した。さらに検討し,本方法は包括的転写調節ネットワークを解析する上に有用であると示唆した。

シソーラス用語： ゲノム ,  *転写【遺伝】 ,  CAD【計算機】 ,  大腸菌 ,  トランスクリプトーム ,  細胞情報伝達 ,  *遺伝的調節 ,  変化 ,  オペロン ,  クラスタ化 ,  環境順応 ,  進化的計算 ,  遺伝学 ,  *ネットワーク
準シソーラス用語： 環境変動 ,  転写調節 ,  ゲノミクス ,  *転写制御ネットワーク

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： 環境 ,  適応 ,  ゲノム ,  転写ネットワーク ,  コンピューター ,  デザイン