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J-GLOBAL ID：201202261372648738   整理番号：12A1226566

大きな生体分子複合体の異なる成分に於ける粗粒部位の最適数

Optimal Number of Coarse-Grained Sites in Different Components of Large Biomolecular Complexes

著者 (3件)： SINITSKIY Anton V. (Univ. Chicago, Illinois, USA) ,  SAUNDERS Marissa G. (Univ. Chicago, Illinois, USA) ,  VOTH Gregory A. (Univ. Chicago, Illinois, USA)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 29  ページ： 8363-8374  発行年： 2012年07月26日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子機械,細胞骨格フィラメントなどのような大きな生体分子複合体の計算研究は計算生体物理学及び生物学が直面する至難な挑戦課題である。生物学的に関連する長さ規模と時間規模を達成するためにこのような複合体の粗粒(CG)モデルが構築され,使用されなければならない。このアプローチにおける重要な一初期段階は複合体の構成成分におけるCG部位の最適数を決定することである。本研究はこの問題への系統的アプローチを示した。最初に,汎用的スケール則を誘導してCG部位数の関数として部位内(ドメイン内)熱ゆらぎに関して数値的に確証した。次に,大きな多重生体分子複合体の異なる部分におけるCG部位の最適数に対する基準から変位についてこの結果を使用した。ゼロ次近似において,このアプローチは一層小さな系(例えば,個別生体分子)について先に幅広く使用した各生体分子における原子または残基の一定数あたり一個のCG部位を獲得する経験則を検証した。この法則に対する一次補正を誘導し,大腸菌リボソームとArp2/3アクチンフィラメント接合の事例研究によって数値的に確認した。種々のリボソーム蛋白質において,ファクタ3.5ほど異なるCG部位あたりの最適アミノ酸数を示し,一層幅広い広がりが他の大きな生体分子複合体中に存在した。それゆえ,ここで提案した方法はこのような複合体のCGモデルの最適構築に対して価値がある。

シソーラス用語： *生体高分子 ,  *高分子複合体 ,  分子素子 ,  細胞骨格 ,  アクチンフィラメント ,  リボソーム ,  大腸菌 ,  モデリング ,  依存性 ,  鎖長効果 ,  スケール則 ,  ゆらぎ ,  発見的方法 ,  数値解法 ,  アミノ酸残基 ,  原子モデル ,  行列 ,  固体粒子 ,  暗号
準シソーラス用語： アクチン細胞骨格 ,  共分散行列 ,  経験則 ,  構成成分 ,  鎖長依存性 ,  時間規模 ,  数値解 ,  全原子モデル ,  粗粒モデル ,  粗粒子 ,  多重スケールモデル化 ,  熱ゆらぎ ,  分子機械 ,  粒子数 ,  暗号法

分類 (1件)： 生体物質一般  (EB02010G)

タイトルに関連する用語 (3件)： 生体 ,  分子複合体 ,  粗粒