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J-GLOBAL ID：201202265991018108   整理番号：12A0509054

nMETR:低メチル化ゲノムタグの容易な回収のための技術

nMETR: Technique for facile recovery of hypomethylation genomic tags

著者 (6件)： BASKAEV Konstantin ,  GARAZHA Andrew ,  GAIFULLIN Nurshat ,  SUNTSOVA Maria V. ,  ZABOLOTNEVA Anastassia A. ,  BUZDIN Anton A.
資料名： Gene  (Gene)
巻： 498  号： 1  ページ： 75-80  発行年： 2012年04月25日 
JST資料番号： E0701B  ISSN： 0378-1119  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 全ゲノムメチル化研究は,生じたデータセットのバックグラウンド読み込み比率を見積もる適切なコントロールに欠けることが多い。適切なコントロールプールを作るため,著者等はメチル化感受性制限酵素によるゲノムDNA消化,アダプターオリゴヌクレオチドのライゲーション,ゲノム反復要素に関連する非メチル化部位のPCR増幅に基づいたnMETR(非メチル化タグ回収)と呼ばれる技術を開発した。そのプロトコールではディープシーケンスの増幅産物を生成する作業日数はたった2日間である。著者等はBspFNI酵素とレトロトランスポゾンのAlu特異的プライマーを用いて,ヒトDNAに対しnMETRを適用した。454の配列決定により1113のnMETRタグ部位の同定が可能となり,それらの内~65%がCpG島の一部だった。読み込みの表示は逆にメチル化レベルと相関があったことから,nMETRの忠実性が確認された。著者等はバックグラウンド読み込みを除去し,ヒトゲノム上に個別のタグをマッピングしアノテートするソフトウェアを作製した。nMETRタグは大規模エピジェネティック研究およびゲノムCpG島付近の非メチル化転移要素同定のためのコントロールとして役立つ可能性がある。Copyright 2012 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.

シソーラス用語： *遺伝学実験技術 ,  遺伝学 ,  メチル化 ,  自動分析計 ,  ヌクレオチド配列 ,  アノテーション ,  転移性遺伝要素 ,  反復配列 ,  *ゲノム ,  エピジェネティクス
準シソーラス用語： *nMETR ,  DNAメチル化 ,  全ゲノム解析 ,  次世代シーケンサー ,  Alu要素 ,  ヒトゲノム ,  CpGアイランド

分類 (1件)： 遺伝学研究法  (EC01020N)

タイトルに関連する用語 (3件)： 低メチル化 ,  ゲノム ,  タグ