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J-GLOBAL ID：201202266859959625   整理番号：12A0930482

残留双極子結合から蛋白質における局所秩序の標準テンソル解析

Standard Tensorial Analysis of Local Ordering in Proteins from Residual Dipolar Couplings

著者 (4件)： MEIROVITCH Eva (Bar-Ilan Univ., Ramat-Gan, ISR) ,  LEE Donghan (Max-Planck Inst. for Biophysical Chemistry, Goettingen, DEU) ,  WALTER Korvin F. A. (Max-Planck Inst. for Biophysical Chemistry, Goettingen, DEU) ,  GRIESINGER Christian (Max-Planck Inst. for Biophysical Chemistry, Goettingen, DEU)
資料名： Journal of Physical Chemistry B  (Journal of Physical Chemistry B)
巻： 116  号： 21  ページ： 6106-6117  発行年： 2012年05月31日 
JST資料番号： W0921A  ISSN： 1520-6106  CODEN： JPCBFK  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 異方性液晶に溶解した蛋白質中残留双極子結合(RDC)はスピンプローブの外部媒質関係と内部蛋白質関係の秩序化から生じる。著者らは蛋白質中RDCを処理するモデルなし解析(MFA)と呼ぶ方法を開発した。公知分子の枠組み中,一軸液晶ダイレクタの面で定義した対角順位2のテンソルによって標準方式で大域秩序を与えた。MF中でも与えられる球状調和集団平均値<Y_2m(θ,φ)>,m=0,±1,±2によって記述した。これらの量からmf-RDCと呼ぶ方法は二乗一般化秩序パラメータ(S_rdc²),異方性無秩序振幅(方向)η(Φ′)及び平均プローブ配向,すなわち局所ダイレクタに対する近似(N-H)_effを誘導した。(N-H)_effは<Y_2D>が最小になる枠組み変換を通して決定した。Φ′は引き続く<Y₂₂+Y_2-2>が最小になる枠組み変換に関連している。以前ユビキチンのN-HとC-C_Me部位に適用した。ここでは,個別<Y_2m(θ,φ)>テンソルをSaupeテンソルに変換し,対角化した。これは標準手法である。固有値S_xx,S_yy及びS_zzを生じ,順位2局所秩序化テンソルの主軸系(PAS),S₁,S_rdc²,η及びΦ′をS_xx,S_yy及びS_zzとして作り直した。mf-RDC枠組み変換は通常のWigner回転と同じでない。標準テンソル解析は新情報を提供した。S_rdc²に対する局所秩序化斜方晶の寄与を評価した。ユビキチンのαヘリックスについて,C^α_i-1-C^α_iとして主な局所秩序化軸を割付けた;Me部位については,mf-RDCの通りC-C_Me軸に関連した。秩序化強度はMe型と相関した。ps~ns局所運動に関連したS₁強度(斜方晶性)はns~ms局所運動によって中程度(実質上)に縮減した。蛋白質中局所ダイレクタとプローブ中S_IのPASの任意配向を可能にする標準テンソル展望に基づく実験RDCを解析するスキームを数式化した。

シソーラス用語： *双極子相互作用 ,  *配向秩序 ,  局所性 ,  *テンソル解析 ,  スピン標識 ,  *配向ベクトル ,  秩序パラメータ ,  規則化 ,  対角化 ,  固有値 ,  斜方晶系 ,  ユビキチン ,  ヘリックス構造 ,  角度 ,  異方性
準シソーラス用語： Euler角 ,  αヘリックス ,  スピンプローブ ,  ダイレクタ ,  *残留双極子結合 ,  秩序化

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (4件)： 残留双極子結合 ,  蛋白質 ,  標準 ,  テンソル解析