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J-GLOBAL ID：201202268026268664   整理番号：12A1347834

DireXによる実空間の改良:全体的なフィッティングから側鎖の改良まで

Real-Space Refinement with DireX: From Global Fitting to Side-Chain Improvements

著者 (3件)： WANG Zhe (Forschungszentrum Juelich, Juelich, DEU) ,  SCHROEDER Gunnar F. (Forschungszentrum Juelich, Juelich, DEU) ,  SCHROEDER Gunnar F. (Heinrich-Heine-Univ. Duesseldorf, Duesseldorf, DEU)
資料名： Biopolymers  (Biopolymers)
巻： 97  号： 9  ページ： 687-697  発行年： 2012年09月 
JST資料番号： C0766A  ISSN： 0006-3525  CODEN： BIPMAA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 単一粒子の低温電子顕微鏡法(cryo-EM)は,巨大生体分子とその集合体の構造を決定するためのツールであるが,中間~低い分解能の密度マップでの原子モデル化は,課題である。著者らは,cryo-EMの密度マップで示された構造を改良するためのプログラムとして,DireXを開発した。DireXは,変形可能な弾性ネットワーク(DEN)を制限し,自由度の有効数を減少させて,モデル改良におけるオーバーフィッティングを減らす。蛋白質は,柔軟な部位が原因となり,密度に欠損や減少が生じて,構造改良で人為的な結果をもたらすことがある。著者らは,2010年Cryo-EMモデル化チャレンジで,フレキシブルフィッティングのターゲットとして3~23Åの高分解能による6つの密度マップを選択し,DireXを用いた構造の改良を示す。

シソーラス用語： 分解能 ,  計算機プログラム ,  *分子構造 ,  *モデリング ,  *電子顕微鏡観察 ,  側鎖 ,  精密化 ,  構造解析 ,  シャペロンタンパク質 ,  ロタウイルス ,  水チャンネル
準シソーラス用語： DireX ,  GroEL ,  GroES ,  アクアポリン ,  イメージ分解能 ,  構造精密化 ,  蛋白質構造 ,  *低温電子顕微鏡観察 ,  *分子モデリング

分類 (3件)： 生体の顕微鏡観察法  (EA03050C) ,  分子構造  (EB03020Y) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (3件)： 実空間 ,  フィッティング ,  側鎖