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J-GLOBAL ID：201202271386460303   整理番号：12A0347088

RNA構造自動予測は二重グリシンリボスイッチにおけるキンク-ターンリンカーを解明する

Automated RNA Structure Prediction Uncovers a Kink-Turn Linker in Double Glycine Riboswitches

著者 (3件)： KLADWANG Wipapat (Stanford Univ., California, USA) ,  CHOU Fang-Chieh (Stanford Univ., California, USA) ,  DAS Rhiju (Stanford Univ., California, USA)
資料名： Journal of the American Chemical Society  (Journal of the American Chemical Society)
巻： 134  号： 3  ページ： 1404-1407  発行年： 2012年01月25日 
JST資料番号： C0254A  ISSN： 0002-7863  CODEN： JACSAT  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 短報  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 二つのリガンドを協調的に結合できるあるクラスの二重グリシンリボスイッチに四つの予測道具,ある新しい方法(BPPalign),RMdetect,JAR3D,及びRosetta 3Dモデリング,を適用した。この四つは新しいステムP0及び一つのキンク-ターンモチーフに対して一致した予測を与えた。これらの要素はRNAの二重アプタマー間のリンカーの構造を与えた。この予測の検証のためのモデルとして最小の既知のグリシンリボスイッチのFusobacterium nucleatum(FN)系(FN-KTtest)を選んだ。N-メチルイサト酸無水物(プライマー配列で分析した選択的ヒドロキシルアシル化(SHAPE)化学における2′-OHアシル化に用いた), ジメチル硫酸(DMS),1-シクロへキシル-3-(2-モルフォリノエチル)カルボジイミド メト-p-トルエンスルフォン酸(CMCT)プロービングでのFN-KTtestへの化学マッピング,突然変異とマッピングを組み合わせた諸研究,突然変異/救助実験は全て構造化リンカーに有利な強い証拠を提供した。厳しい熱力学解析を許す解決条件の下で,このらせん-ジャンクション-らせん構造の中断はこのRNAの二つのグリシン結合遷移の解離定数を120倍及び6~30倍弱くし,全体的なエネルギーに4.3±0.5kcal/mol の影響を与えた。FN-KTtestの過トランケーションによるこの決定的要素は従来の生化学的及び結晶学的研究では含まれなかった。

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  mRNA ,  プローブ ,  突然変異 ,  二次構造 ,  熱力学
準シソーラス用語： アプタマー ,  リボスイッチ

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

タイトルに関連する用語 (4件)： RNA構造 ,  予測 ,  キンク ,  リンカー